如何分辨有益菌和有害菌，对养殖来说是关键的。
常见的有益菌
1、光合细菌
光合细菌为光能型原核微生物，以太阳光作为能源、无芽孢、革兰氏阴性菌。在厌氧光照或好氧黑暗条件下利用自然界中的有机物、硫化物、氨等作为供氢体兼碳源进行光合作用，在生态系统中具有重要的地位。
近年的研究发现它们可以分为产氧光合细菌与不产氧光合细菌，水产养殖中运用较多的是光能异养型红螺菌科中的一些光合细菌种类。
光合细菌主要功能：改善水质；抑制有害菌滋生、提高机体免疫力，减少病害发生；作为开口饵料与饲料添加剂提供营养、改善个体体质；抑制有害藻类繁殖、促进有益藻生长繁殖等。
2、枯草芽孢杆菌
枯草芽孢杆菌是芽孢杆菌的主要代表，具有产芽孢、周生鞭毛、无荚膜、革兰氏阴性、好氧异养等特点。
其功能有：全面提高机体免疫力、增强抗病力；通过分泌酶参与消化，促进营养吸收；促进肠道厌氧菌的生长、改善肠道pH值、抑制致病菌的生长；降解能力强、有效改善水质；抑制有害菌的生长繁殖，控制疾病发生。
3、硝化细菌
硝化细菌属于化能自养菌。在有氧的条件下，以氧化无机氨获得能量，且能够固定二氧化碳来合成简单的有机物。其形态各异，包括亚硝酸细菌和硝酸细菌二种细菌，经它们的共同作用最终将氨氧化成硝酸态氨。
故其主要功能是降低水体的氨氮，减少其对水生生物的毒害作用，稳定水质；它们在物质循环中具有不可缺少的地位。它的缺点是生长繁殖慢，因此有必要在养殖环境中进行人工补充。
4、酵母菌
酵母菌是一种单细胞真菌，行兼性厌氧生活。广泛运用于精饲料生产中，以增加饲料中的蛋白质含量，提供足够的营养，达到促进生长、提高机体免疫力和养殖生物品质等。它还具有促进水体中其他有益菌的生长繁殖，稳定微生态平衡的作用。
5、蛭弧菌
蛭弧菌是寄生于其他细菌并能导致其裂解的一类细菌。属于蛭弧菌科，单细胞、弧形或逗点状、或呈螺旋状。运动活跃、革兰氏阴性、胞内蛋白含量较高。是生物防治有害细菌的一种有力武器，可以用于水产养殖业（水体或养殖生物体内）以控制有害菌的数量，达到控制疾病的目的。
6、乳酸菌
乳酸菌是能发酵葡萄糖或乳糖产生乳酸的异养厌氧细菌，无芽孢、革兰氏阳性，是人类和动物的正常菌群，但极个别的也可能致病。它们分属于18个以上的属，共计200多种。常见的有乳链球菌、乳杆菌等。
其主要的生理功能有：提供营养与促生长效应；改善消化道功能，维持体内的菌群平衡；改善免疫力，抑制疾病的发生；抗菌效应，阻止病原菌的入侵。
常见的有害菌
有害菌种类繁多，常见的有溶藻胶弧菌、哈氏弧菌、创伤弧菌、副溶血弧菌、链球菌（如海豚链球菌）、气单胞菌（如嗜水气单胞菌）等。
1、弧菌
弧菌是海水养殖生物疾病的病原，属条件致病菌，它们通过致病相关物质的产生导致机体损伤而致病。
其中溶藻胶弧菌通过肠毒素、溶血素、胞外蛋白酶、胞外多糖、生物被膜、及外膜蛋白（铁摄取蛋白与分泌系统等）等毒力因子致病。哈氏弧菌的致病因子有，溶血素、多糖、金属蛋白酶、丝氨酸蛋白酶、铁载体、分泌系统、磷脂酶、发光酶等。
2、副溶血弧菌
副溶血弧菌可以通过耐热直接溶血素（TDH）、TDH相关溶血毒素、尿素酶、分泌系统等致病。
3、海豚链球菌
海豚链球菌是非条件致病菌，因首先存在相关疾病的暴发，该菌趁机侵袭鱼体进入血流，而宿主免疫系统又不能抵御其侵袭，细菌大量繁殖而致病。M相关蛋白、溶血素S、荚膜多糖、葡萄糖磷酸变位酶、烯醇酶等是它的主要致病因子。
4、嗜水气单胞菌
嗜水气单胞菌也是一种条件致病菌，其毒力因子有外毒素、胞外蛋白酶、S蛋白、菌毛、外膜蛋白与脂多糖等，其中外毒素是其重要的致病因子之一，有气溶素、溶血素、溶血毒素和细胞肠毒素等。
*文章来源：农财宝典水产版，作者：丁燏
