然而，渔民们过去的引种行为已经埋下生态隐患，引入的外来物种中不乏性情凶猛的猎食者，其自然繁殖和种群建立状况需要密切关注。
第一类外来物种，是从国内其他地区引入的经济鱼类。1997~2000年，全国曾掀起一阵移植银鱼的水产热潮，太湖成了全国著名的银鱼引种地，湖中的短吻新银鱼被广泛移植到滇池、三峡水库等大水面湖库，丹江口水库也在引种之列。
2005年，丹江口库区的银鱼达到历史最高产量，经济效益显著，但银鱼有吞食鱼卵的习性，当库区土生土长的原生鱼构成了一定威胁。后来在2017年，库区又发现了外来物种颌针鱼，和银鱼形成了捕食和竞争关系，导致银鱼产量迅速下降。后来居上的颌针鱼是否会对库区生态产生新的影响？这还需要继续观察。
第二类是从国外引入的物种，比如大口黑鲈和匙吻鲟。大口黑鲈又名加州鲈，原产自美国加利福尼亚州，如今成了华南地区的当红养殖品种，分布范围有北扩的趋势。虽然大口黑鲈肉质鲜嫩，营养丰富，但是生长速度快，食性贪婪，会对滤食、草食以及杂食性鱼类构成严重威胁。
至于匙吻鲟，其威胁则要小很多，滤食习性反而有利于改善水质。当然，外来物种对本土生态的影响是多方面的（比如扩散寄生虫、病原菌），表面上“人畜无害”的匙吻鲟也不能随意放生、放流，否则对食物链、生态结构的微小影响就可能引发难以想象的后果。
