第三个建都南京的是刘宋。420年，东晋大将刘裕在经过了十多年的准备之后，将东晋王朝一脚踢开，自己登基称帝，建立了刘宋王朝。刘宋王朝也以建康为首都。
第四个建都南京的是南齐。479年，刘宋大将萧道成废黜了刘宋最后一个皇帝宋顺帝，登基称帝建立了南齐王朝，南齐也是以建康为首都。
第五个建都南京的是萧梁。502年南齐将领萧衍在经过了三年的战争之后攻进建康城，夺取了政权，自立为帝，建立了萧梁王朝。萧梁王朝也是以建康为首都。
陈后主画像
第六个建都南京的是陈朝。557年萧梁大将陈霸先取代了梁敬帝在建康称帝，建立陈朝。陈朝也是以建康为首都。
