飞来寺内墙壁上绘有清代壁画面积达60多万平方米，内容主要是藏传佛教、原始宗教、自然崇拜、当地藏民世俗生活场景等等。
壁画绘制技艺高超、用料考究，是研究当时德清社会历史和民族文化的珍贵实物资料，具有较高的艺术价值，2003年，飞来寺成为云南省文物保护单位。
传说飞来寺的建寺者是南卡曲吉嘉措活佛，他在卡瓦格博圣地闭关休息时，在禅定之中见到了一尊从印度飞来的佛像，降临在卡瓦格博对面的一座山头上。
活佛观察缘起后，果真找到了一尊佛祖真身，他明白了佛祖的旨意，于是组织村民新建了一座寺庙。
当寺庙举行开光庆典时，佛祖亲驾寺庙上空，为寺庙和庙内主供的佛像祝福。从此，朝拜觉悟南卡扎西（飞来寺）等同于朝拜拉萨大昭寺佛祖像，寺庙名声大振，飞来寺成为藏传佛教中一个重要的寺庙。
十世班禅大师于1986年末亲临过寺庙，朝拜卡瓦格伯神山。在寺内有纪念十世班禅大师的文字、塑像。我们去时看到一位藏族小伙正在给文字、塑像涂上金粉，以保证它常新示人。
和涂金粉的小伙子聊天，知道他是当地人，他们村子叫做飞来寺村，村子里数十户人家、数百人口，过去以放牧为主，如今组织起来从事旅游服务。飞来寺有专人看管、定期维护……
