彭加木在做实验
其实，关于彭加木失踪，即使是今天站在科学的角度上看，依然是有许多难以合理解释的地方。比如：
① 彭加木是植物化学家、植物病毒学家，主要是研究农作物的病毒防治，那他到寸草不生的不毛之地罗布泊去考察什么？考察罗布泊是地质学家、矿产专家的事情。彭加木身为植物病毒学家，却三次深入罗布泊科考，他自己说是去寻找重水资源，这好像不是他的专长，也不是他的份内之事。况且他率领的考察队，一个地质工作人员都没有。这是什么原因呢？令人感到蹊跷。
科考队行进路线
② 彭加木留下的那张纸条上写着：我往东去找水井！彭 17／6 ：（10：30）。这就有点耐人寻味了，首先，这张纸条上的日期更改过，16改成了17，涂改的痕迹很明显。究竟是彭自己写错了又改的，还是别人后来改的，没有定论。其次，科考队已经于前一天（也就是16日晚10点）向解放军驻疆马兰部队发出了求救电报，请求调水调汽油，部队也已经给予答复了，答应马上进行援助，这份电文还是彭加木亲自起草的，那他为何还要一个人出去找水呢？这不自相矛盾吗？第三是，本次科考队一共就10个人，又是在炎热的荒漠中，大家都聚集在汽车底下躲避火辣辣的太阳，彭加木独自离开队伍，有必要写纸条吗？直接说不就得了，又快又省事。
科考队合影
③ 彭加木出去找水，随身不带地图却带着植物标本，这很反常，也不符合逻辑。离队去找水，怎么着也用不着标本吧？带在身上不累赘吗？沙漠中酷热无比，人躲在汽车底下一动不动也受不了，彭加木是一个罹患癌症的老人，出去找水要带着标本？这不符合逻辑，也违反常理。
彭加木
④ 后来的几次大规模搜索都没有结果，这点也很奇怪。彭加木是一个老人，且身患癌症，在死亡之海罗布泊中，他又能走多远呢？再说了，彭加木对新疆很熟悉，对罗布泊也不陌生，他曾三次横穿罗布泊，可以说没有谁比他更了解罗布泊的气候。那么他独自离队去找水，理应知道这其中的风险，他又会走多远呢？在他发现没有水、找不到水后，肯定会返回的啊，不可能一直走下去，走到消失，除非是他有意为之或刻意躲避其他同事，再或者是他遇到了什么危险。
