到目前为止《侍魂》系列已经出现了多少位BOSS了呢？
黑子、天草四郎、罗将神水姬、斩红郎、凶国日轮守我旺、坏帝尤加、哥尔巴将军、静御前，其中好几位BOSS都是反复出现的。而整个游戏的幕后首脑，一直都是那位只出现在幕后的“暗黑神”。其中罗将神、天草、尤加、静御前的出现都和他息息相关，真正将其彻底消灭的游戏则来自《侍魂RPG》中。
在《侍魂》系列中还曾经出现了一个来自中国的邪神：暗之皇，不过在《侍魂零》出场之后就被彻底消灭了，因此甚至很多人都不知道它的存在。和暗之皇息息相关的人物，则是来自《侍魂》中的水邪、火邪和刘云飞。
暗之皇，最善于利用人性的弱点，以及对力量的渴望。千年之前，刘云飞是当世的顶尖武者，被暗之皇选中，并告诉他只要让其附体就可以获得强大的力量。为了抵御外敌，急需力量的刘云飞最终同意了。而在这之前，刘云飞就和自己的八位弟子约法三章，一旦自己失控，无需顾及太多，直接用秘法封印。
正如刘云飞所料，在得到力量之后的他的确扫平了外敌，但自己的精神状态也陷入崩溃的边缘，最终导致失控，并*死了自己的妻子。八位徒弟按照之前的预定，亲手将师父封印。
在这之后，暗之皇将刘云飞的八位徒弟全部腐化成为邪神（元素恶魔），不过在百年间全部被民间高手尽数封印。直到《侍魂零》的剧情线1786年，炎邪和水邪成功冲破封印，结果却被风间一族再次封印在武器之中。
《侍魂零》时期，暗之皇封印渐渐松动，他发现本世纪出现了比较强大的武者：凶国日轮守我旺，于是选择这个男人成为了新的寄体。暗之皇脱离之后，刘云飞的封印也得到了解除。为了消灭这个祸害，刚刚复苏的刘云飞再次踏上了征程。
而另一边的我旺，本来也是德川家臣，而且还是德川庆寅的授业恩师之一，拥有非常强大的实力，多年来一直致力于平定内乱、保家卫国。然而富足的江户将军们选择奢侈糜烂的生活，对在饥荒中受苦的人民置之不理，对虎视眈眈的外国列强不闻不问。这让他渐渐开始对德川幕府不满，最终导致兵变，成为一方之雄，企图以一人之力改变这个陷入沉沦的国家。
暗之皇正是利用了我旺对力量的渴求，成功附体在他的身上，成为《侍魂零》的最终BOSS。最初我旺的兵变，仅仅是为了改变国家的现状。然而在被暗之皇附体之后，我旺就渐渐改变了初衷，成为战争狂热分子。
在游戏中，我旺最开始是人类的状态进行战斗，在爆气之后就会成为暗之皇的形态。这个形态是无法消灭的，同时也是无敌的。玩家只能不停地躲避，尽量少挨打，拖延时间，还是有机会能赢的。
《侍魂零》如果选择刘云飞通关的话，就可以看到游戏真正的结局。
