酵素堆肥是利用岛本酵素菌种（俗称酵素菌）中好气性发酵微生物产生的糖化酶、蛋白酶等水解酶分解富含有机质的原材料，如各种农作物秸秆、锯末、农副产品废弃物等，通过高温堆积发酵，再经后熟处理制成的发酵有机肥料。
岛本酵素堆肥技术由岛本微生物在国内已经推广应用二十多年，在生态有机基地得到了广泛应用，在土壤调理、环境改良、资源再利用、优质农产品生产等方面取得了显著成效。潍坊岛本微生物技术研究所于2016年总结酵素菌技术20余年科技成果结合现代农业发展需要在国内首次提出了发展“酵素农业”的倡议，“酵素堆肥”技术及产品的应用是酵素农业技术的一部分，是研究所科技项目“酵素农产品GAP标准化生产体系建设”技术体系的组成部分。本技术经过多番理论与实践调整制定而成，目前已经为成熟技术，适用于有机农业、生态农业、绿色农业、安全农业等大型种植基地及合作社运营。
基本配方
有机物料：秸秆或麦草800千克，干鸡粪200千克，钙镁磷钾20千克；
菌种配比：岛本酵素扩大菌1-3千克，红糖1-3千克，麸皮或米糠10-30千克；
注意：有机物料原料具有多样性，不同原料需合理配比。
实施过程
（1）菌种制备：
将岛本酵素扩大菌菌种与麦麸（或米糠）按比混合后，将红糖用温水化开后泼洒进去混合均匀备用；
（2）有机物料制备：
将秸秆或麦草摊成50厘米厚，加水充分泡透后，将干鸡粪均匀撒在麦草上，再将制备好的菌种按比混入，将钙镁磷肥均匀撒上，充分掺匀后，堆成1.5~2米高，2.5~3米宽，长度超过4米的长方形料堆，原料不少于15立方米；
（3）过程管理：
夏季，发酵温度上升很快，一般第二天温度即升至60摄氏度，维持7天左右，翻堆1次，注意翻堆要均匀彻底，将外面的原料翻入里面，将里面的料翻出。之后，每7天左右翻堆1次，前后共需4次。最高发酵温度不应超过75摄氏度。当第四次翻堆后，注意观察温度变化，当温度日趋平稳且呈下降趋势时，表明肥料发酵完成。
注意事项
岛本酵素堆肥最好在水泥等硬质地面上进行。生产过程中，必须切实注意温度、湿度、颜色、气味等的变化。从堆肥发酵开始，每8小时测量一次温度。物料的适宜温度为60~65摄氏度，最高不应超过75摄氏度。生产上，当温度升至70摄氏度时，要设法控制温度，通常采用喷水或者翻堆的方法。如果温度过低，可能是料堆中水分含量过大或通风不良造成，此时要注意适当翻堆以通风降湿。酵素堆肥的适宜湿度为50%-60%。由于发酵过程中产生大量的热量，带走大量的水分，如水分走失过快，可在翻堆时补充适量清水。随着发酵的进行，物料颜色发生变化，由黄色逐渐变成黄褐色，最后变成深褐色，且有光泽。
