最早有关蜈支洲岛记录的年代是在清朝光绪年间，海南有位游方道人吴华存遍游海南诸岛，希冀寻访炼丹修身之处。当他看到蜈支洲岛的风光旖旎和山海之间的万千气象，便欲在此结庐而居，炼丹修身。此事被当时的崖州知府钟元棣获悉，随即前往查看。果见小岛风光与风水俱佳，认为如此宝地不应为个人所有，理当造福于民。于是他制止了吴道人的行为，由州府筹资在岛上修建了一处庵堂，取名为“海上涵三观”。供奉的是中国汉字的创始人仓颉，这在国内亦属罕见，在海南的文化发展史上写下浓墨重彩的一笔，常留青史。蜈支洲岛建庵时间为公元1893年，距今已有100多年的历史。清廷衰败后，庵堂乏人打理，日渐破败荒废。当地渔人索性改塑妈祖神像，供奉起传统的海上护佑神，从而求得面对苍茫大海时的虔诚祈祷，也就是我们现在看到的“妈祖庙”。
妈祖，是以中国东南沿海为中心的海神信仰，又称天上圣母、天后、天后娘娘、天妃、天妃娘娘、湄洲娘妈等，妈祖到底是谁？历史上倒真有其人，不过生前仅仅是个普通人。她出生在北宋时期的福建省莆田市，名为林默娘。28岁时在一次海上搭救遇险船只时，林默不幸被桅杆击中头部，落水身亡。后来不知为何，林默娘被慢慢神化，成了万众敬仰的“海上女神”，想想也是蛮神奇的。
