抗日战争时期，江东地区杨家三兄弟老大杨天东是八路军蟒山纵队司令，老二杨天伯是江东地区的国军司令，老三是江东地区国军特遣队队长，对外也号称司令。老二率部队驻守江东城，守军司令突遭暗*，其侍卫长杨天鸿受到牵连，紧接着重庆来的特派员琳娜遭日本特遣队桥本次郎绑架，一系列奇怪的事件把江东搅得乌烟瘴气 。
杨天鸿 男，32岁。 国民党江东城防司令部特别行动队"司令"中共地下党员高级特工。机敏过人，精通战术和推理，具有强烈的英雄情结和霸气，杨家老三。大哥二哥都叫他鬼头蛋。聪明过人，反应机敏，话说的比较大，比较糙，外号杨大嘴。能力超凡屡立战功，却不能高升，身为江东城司令钱国栋的侍卫长，却未能保护好钱司令的安全，钱司令遇刺身亡，使他越觉得事情蹊跷，有口莫辨，不顾现任司令二哥杨天伯的劝阻，决定回到江东将事情查个水落石出。特别行动队也毅然舍命跟随他。在斗争中不断的磨练自己，使之更加成熟。日本人在江东制造毒气，爆炸等一连串恐怖活动，目的就是破坏国共合作"风暴眼"行动，杨天鸿在紧要关头，利用巧妙的躲过了日本人的陷害，也将隐藏在江东城内的日军最高级别的间谍挖了出来，当他得知间谍就是自己二哥时，他无法抉择。在国家、民族和江东百姓面前，杨天鸿最终将二哥杨天伯送上审判台。
《一门三司令》没有以复杂的故事线索为背景，抛弃了纠结的人物身份关系，而是更多的从人物内心与特点出发，塑造了一个个血肉丰满的人物。该剧制作团队集聚了国内一流的制作人员，从服装、道具、置景都很精益求精，就像是那个年代特有的。剧中战争场面的镜头比比皆是，枪林弹雨、爆炸四起、浓烟滚滚等场面十分震撼。除了各种"硬实力"，剧组的"软实力"也成为该剧成功的另一大原因，该剧剧本人物设计丰满有血有肉，在扣人心弦的谍战戏份里更增添了兄弟情，将国与家之间、大爱和小爱的复杂纠结情感表现的淋漓尽致，成功地掀起了继《潜伏》之后国内谍战剧的新风潮。
