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紫竹林始建时间尚存争议，兴盛于隋唐，隋朝时是皇家指认的供奉观音菩萨的道场，又称观音圣地。据寺内碑刻记载，南五台因观音大士降伏火龙而成为观音菩萨的道场，自隋唐至今香火不绝。（南五台的寺庙里，圣寿寺也有观音大士降伏火龙之说，且有清道光年间的石碑《观音大士伏龙赋并序》为证）。因此被誉为民间信仰观音文化的发祥地。宋代时被誉为中国四大最具灵性之地。许多佛教典籍均在此处翻译定稿，如《金刚经》、《般若心经》的翻译都是在终南山定稿。自明以来称观音大寺。光绪二十三年重修时，更名为紫竹林至今。紫竹林自唐朝后期开始没落。
浙江普陀山也有一处紫竹林，其实有一定渊源的。据说是因日本临济宗僧人慧锷到南五台游学，发现此处观音菩萨极为灵验，便想从南五台请观音像请回国，途经普陀山时被海上风浪所阻。于是在普陀山潮音洞前紫竹林建“不肯去观音院”。据文献记载普陀山观音道场所建时间比南五台紫竹林晚300余年。
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紫竹林也是禅宗清“临济宗三十七祖了和妙公和尚塔院”。在民国时期声誉显赫，当时人们尊称“终南山两个半和尚”首位名僧怡峰法师在此主持，其徒弟拂尘法师就是原兴教寺常明方丈的师傅。紫竹林现有的大殿和厢房是方丈常明老和尚八十年代主持修建，这里也是他出家为僧的第一个寺院，常明老和尚在紫竹林整整住了20年。
解放初，紫竹林仍俱规模，住有僧人，常明法师为寺住持。1958年常明法师去北京佛学院学习。20世纪60年代初修独松阁期间，被作为筹建处及库房。1986年，常慧法师圆寂于香积寺。翌年，在紫竹林为法师起建灵骨塔于圣宗法师、果初法师塔次。常慧法师的得意弟子演峰为报师恩，对紫竹林曾作修葺。
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改革开放以后，沿终南山旅游事业长足发展，乘落实宗教政策之风，常明方丈发大愿心，决意投资，重振宗风。在他的主持下紫竹林开始了前所未有，全面恢复的兴建工程。是时，要在原址上重修一座古刹，困难是难以想象的，工程是十分艰巨的。种种建筑用料，乃至超大超长巨木，必须经坡陡弯急的山路挪上高山，特别是车不能到的数百个台阶组成的朝天梯，必须经人抬肩挑运到工地，其代价超过一般代价的数倍甚至十倍，如每一块砖成本竟达三元人民币。大量的资金要源源不断地由兴教寺设法从十方筹集而来。当时，80高龄的常明方丈一面兼理寺事，一面竭力营构，多次上山亲临现场，视察督工，从投资设计到建筑、策划，以至购钟、鼓，迎佛像，事事亲临，一丝不苟，真可谓不惮辛劳，呕心沥血矣。于此，从1993至1998年挺熬五载，耗资三千余万元人民币，终成现前紫竹林的规模。
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紫竹林现有三座大殿，山门左侧是正在扩建的南海殿；进山内第一座大殿是圆通宝殿，内正中供奉的毗卢观音菩萨，左侧定水观音，右侧千手观音。殿内有一石碑，经相关专家鉴定为元代石碑。上面记录了当时整个寺院及下院的土地使用布局及占地面积。圆通宝殿左侧是药师殿，右侧是客堂；最后是灵光宝殿，内正中供奉教主释迦牟尼佛，两侧是弟子阿难迦叶，左侧边为东方琉璃世界药师佛，右侧为西方极乐世界阿弥陀佛。两边墙上为三十二观音其中的十五尊。灵光宝殿右侧是塔院。塔院内分别是怡峰禅师，拂尘禅师，常明长老，常慧长老的灵塔。
