但是，南勇一上任后，就在周海滨的转会上做出了不利于鲁能的决定，这难免让鲁能俱乐部和山东球迷气不过。更令人鲁能俱乐部难堪的是，2011 年 12 月，央视《法治在线》节目首度披露了已经身陷囹圄的谢亚龙的案情，在采访中谢亚龙承认收受山东鲁能 20 万，帮助鲁能夺取 2006 赛季中超冠军。虽然那一时期，中国足球是一个潜规则横行，价值观混乱的时代，但谢亚龙的供述还是让堂堂的国企俱乐部山东鲁能面子上过不去。
仿佛从那时起，山东鲁能与中国足协关系就开始一路走冷，并愈发有恶化的趋势：2012 赛季，鲁能因联赛成绩不佳拒绝放行国脚，因而与足协产生激烈矛盾，虽然最终鲁能顾全大局放行己队国脚和国奥球员，但双方的矛盾已经公开化；2014 赛季，双方又在国脚召回问题上产生严重交恶；2015 赛季，时任鲁能主帅库卡与裁判发生冲突，甚至警方也介入此事，事后足协对库卡停赛 7 个月，所幸鲁能那一赛季勉强拿到亚冠资格，但是库卡最终还是难逃下课命运。
不知道是不是巧合，随后很多年里，鲁能与中超裁判交恶的戏码轮番上演：2017 赛季末，鲁能争夺亚冠席位的关键时刻，沈寅豪吹掉鲁能的进球引发巨大争议，事后山东球迷曾拉起横幅声讨沈寅豪。2019 赛季鲁豫之战，赛后鲁能俱乐部联合山东足协第一时间申诉当值主裁判傅明，而在场外，山东球迷曝光傅明论文涉嫌抄袭，也让此事的影响 “破圈”，这件事情给傅明带来了很大的影响，后期他也疑似被禁哨一段时间。时间来到 2020 赛季，京鲁大战主裁判沈寅豪的争议判罚，再次让他成为山东球迷的众矢之的，“论文查重门” 再次重演，不过从 2021 年和 2022 年的国际级裁判员名单来看，沈寅豪并没有受到太多来自争议的影响。
