南京历史悠久。50万年前，今东郊汤山葫芦洞一带已有被后世称为“南京人”的原始先民活动。6000多年前，在今市中心的鼓楼岗北阴阳营、江宁区陶吴昝缪等地，原始先民已广泛使用石制器具。3000多年前，沿江河一带相当密集地分布着被后世称为“湖熟文化”的青铜器时代的居民聚落。
南京襟江带河，依山傍水，钟山龙蟠，石头虎踞，山川秀美，古迹众多。
南京一带在100万年至120万年前就有古人类活动，35至60多万年前就有猿人在南京地域生活，汤山旧石器时代文化遗址出土了南京猿人化石，是目前已发现最早的南京的人类生活遗迹。约7000年前，出现了以北阴阳营文化为代表的新石器时代原始村落。在市中心的鼓楼岗北阴阳营、江宁区陶吴乡咎庙等地，发现200多处6000多年前新石器时代的遗址，出土大量的陶器和石、骨制成的生活用具。3000年前，相当于中原的商周之际，秦淮河流域出现了密集的原始聚落，被称为湖熟文化。春秋战国时，在这些聚落的基础上形成了南京地区最早的城邑。
3100年前，南京是西周周章的封地。周灵王元年（公元前571年），楚国在今六合区已设有棠邑，置棠邑大夫，为南京有历史记载的最早的地方建置。春秋末年，吴王夫差在今朝天宫一带筑冶城，开办冶铸铜器的手工业作坊。周元王四年，越国灭吴后，范蠡在今中华门外的长干里筑越城，距今已有2484年。公元前333年，楚威王熊商于石头城筑金陵邑，金陵之名源于此。后来秦始皇南巡时改金陵邑为秣陵县，并以金陵地区起，筑建穿越今江苏东南和浙江东北部的驰道。
公元229年，吴大帝孙权在此建都，改秣陵为建业（后于公元282年改建邺）。吴都城以今太平路一带为中轴线，南拥秦淮，北倚后湖，周长20里19步（今8.5公里左右）。公元230年，派将军卫温、诸葛直等率兵万人，航行到夷洲（今台湾），又派将航行去辽东、高句丽。此后，东晋、南朝的宋、齐、梁、陈均相继在此建都，故南京有“六朝古都”之称，今南京图书馆保留有六朝建康城遗址。六朝建康城是当时世界上最大的城市，人口达百万，是世界上第一个人口超过百万的城市，其经济发达，文化繁盛，在江南保存了华夏文化之正朔。以建康为代表的南朝文化，六朝时期的南京城和古罗马城并称为“世界古典文明两大中心”，在人类历史上产生了极其深远的影响。
六朝都城建康金迷纸醉，佛寺穷极宏丽。唐朝杜牧有“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”的咏叹。公元589年2月，隋军攻入台城，从景阳楼下的井中活捉了陈后主和他的两个妃嫔。隋文帝下令将城邑和宫殿“荡平”改为耕地。
隋唐两代金陵处于建都于北方朝廷的刻意压抑、贬低和经济、文化不断发展强大的矛盾之中。政区建制在唐代有130年降为润州属县，李白、刘禹锡、杜牧、李商隐等大诗人都在这里生活、游览过。
隋唐之后五代时的中国，诸雄相争，战乱不断。而南唐国建都金陵府，偏安江南，自杨吴始，70多年境内没有发生大的战争。秦淮河两岸集市兴隆，商贾云集。经济繁荣伴随着文化的发达，诗词、书画都开一代之风。南唐皇帝李璟、李煜都是著名的词人。“细雨梦回鸡塞远，小楼吹彻玉笙寒”（李璟），“问君能有几多愁？恰似一江春水向东流”（李煜）都是千古传颂的名句。
宋元时期的金陵依然保持南唐的城市规模，作为东南地区的经济重镇而闻名。著名的北宋政治家王安石曾3次以宰相之位担任江宁知府，并定居、终老在这里。南宋名将岳飞在南郊的牛首山一带大败金兵。元代，城内设有东、西织染局，组织丝织品大量生产，专业工匠有6000多户。
1368年，明太祖朱元璋称帝，创建大明王朝，南京成为全国的政治文化中心， 明朝南京城是全世界最大的城市。历时21年修建了35.3公里长的都城城垣，是世界上第一大城垣。鸡笼山麓的国子监学生多达近万人，还有日本、朝鲜等国的留学生在此学习。
清代，康煕、乾隆皇帝都曾6次到南京巡游视察。鸦片战争，清政府于1842年在南京下关江面英国军舰“康华丽”号上签订中国近代史上第一个不平等条约《南京条约》，拉开了中国近代史的帷幕。1853年，太平军攻克南京，建立太平天国，改称天京，建都11年。
辛亥革命推翻了清王朝的君主统治。1911年12月29日，起义的17省代表在南京选举孙中山为临时大总统，中华民国建立。1912年元旦，中华民国临时政府在南京成立，孙中山宣誓就任临时大总统。1927年，北伐军节节胜利，4月18日在南京成立国民政府，定南京为首都。
1949年南京解放，成为中央人民政府直辖市，为中华人民共和国成立初全国13个直辖市之一。
建都朝代：东吴、东晋、南朝·宋、南朝·齐、南朝·梁、南朝·陈、五代·杨吴（西都）、五代·南唐、南宋（行都）、明、南明、太平天国、中华民国
