在最初讨论百夫长级的设计架构时，本打算直接沿用君权级战列舰的防护设计，做出一定程度的削薄以与其吨位相适应。但之后进行了长时间的讨论，怀特提出了三种备选方案：
（a）与君权级基本相同，水线装甲带厚12英寸，上部装甲带厚4英寸；水线装甲带的上缘被一道平甲板连接封闭起来，形成装甲盒，这道甲板厚2.5英寸。
（b）从水线以下5英尺到水线以上10英尺，被统一厚度的5英寸装甲覆盖；在其后方的主甲板上，采用与巡洋舰类似的穹甲防护体系，穹甲水平段厚2.5英寸。该方案的重量与上一个方案相同。
（c）前两个方案的结合体，在方案（b）的基础上把侧舷装甲换成方案（a）的模式，这会比前两个方案重300吨。
这里先解释一下君权级与改自君权级的方案（a）的情况，审视其中的思路。下图是君权级战列舰的中剖装甲图：
方案（a）的防护是在上图的基础上将水线装甲带（红线所标部位）从18英寸削薄到12英寸，水平装甲（黄线所标部位）从3英寸削薄到2.5英寸，其余并无差别。而这个防护设计，比较关键的地方其实是4英寸的上部装甲带，以及在它之后、在水平装甲之上的煤舱。设置它的目的是防御不久之前出现而且在快速发展的、由速射炮发射的装填有烈性炸药的高爆弹。
在1885-1889年，皇家海军利用老旧的铁甲舰“抵抗”号开展了一系列毁伤效果实验，以检验装甲的防护效果。这些实验大多是在保密条件下开展的，在19世纪相当罕见。其测试结果表明，该舰原本安装的4.5英寸厚的锻铁装甲就足以让6英寸口径的高爆弹无法击穿，在其上另外设置的3英寸厚钢制装甲也能起到相同效果；但哪怕是旧式的铸铁制帕利赛穿甲弹都能够击穿这个厚度的装甲，并造成大量破片。2英寸钢板可以阻挡6英寸炮弹爆炸的破片，燃煤也能吸收破片，2英尺厚度的煤层就相当于1英寸的锻铁装甲。君权的防护即依此结果而设置：由于吨位受限，把上部装甲带强化到能防御穿甲弹的程度是不现实的，那么让其抵御高爆弹即可，穿甲弹则放任其击穿，靠其后的煤层来吸收破片，防止*伤船员。同时，煤层还能阻挡装甲带被击穿后可能的进水。
而方案（b），则更进一步：既然煤舱的效果很好，那么就把整个侧面交给薄装甲和煤舱来防护，内部再设穹甲来防备零星的重型穿甲弹。这个设计很有可能是受到之前设计的埃德加级防护巡洋舰的影响。埃德加级是只有穹甲防护的，如下图所示，黄线勾勒的部分即为其防护甲板：
