佛手瓜最初为弦线状须根，随植株生长，须根逐渐加粗伸长，形成半木质化的侧根，上生不规则的副侧根。侧根长而粗，在一般条件下，一年生的侧根长达2m以上。根系分布范围广，吸收肥水能力强，耐旱。多年生的佛手瓜，进入第2年以后，在不十分炎热的地区可形成肥大的块根。
佛手瓜种瓜需选择个头肥壮、重量500g左右、表皮光滑润薄、腊质多、微黄色、茸毛不明显、芽眼微微突起、无伤疤破损、充分成熟的瓜做种瓜。将种瓜于11月下旬放在5℃~7℃的室内保存，具体方法是用箩筐装沙储藏，即用箩筐装一层沙，放一层瓜，不留空隙，箩筐顶端覆盖10cm~15cm的沙即可。若数量大可在室内建沙池储藏，在整个储藏期要特别注意几点：①自始至终不能浇水，即使表皮起皱也不能浇。②必须用于沙储藏覆盖，不能用农家肥和田园土储藏覆盖。③若无干沙可用干煤灰储藏覆盖。
