画面一转，刚经历过生死的琼斯回归正常生活，他是一名大学教授。
这天课后，两名军方人员找到了他，想请求他帮忙寻找他的导师瑞文伍德的下落。
因为极端组织正在全世界搜罗宗教文物，从军方人员截获的秘密文件里，提到了塔尼斯和瑞文伍德。
这个消息对琼斯来说，绝对是惊天好消息，塔尼斯很可能就是存放失落的法柜的地方。
法柜，也叫作约柜，在考古届里一直是一个神秘的存在，是希伯来人用保存十诫的黄金柜子。
而敌人想要找瑞文伍德，则是因为瑞文是研究塔尼斯的专家，他们怀疑瑞文手上有“雷之权杖”，这个东西在特定时间特地地点能够显示出法柜的存放地点。
知道了这点之后，琼斯立即飞往尼泊尔，瑞文伍德女儿也是琼斯的前女友玛丽安所在的酒吧。
等到了这儿，琼斯却发现瑞文伍德已经去世，而他要找的放在权杖上的青铜牌也转由玛丽安保管。
就在琼斯和玛丽安还在因旧情拉扯，敌人雇佣的也跟着琼斯的脚步找到了这。
双方战局一触即发，激烈交火之后，大难不死的琼斯带着玛丽安和铜牌来到了目的地开罗。
在新的地点展开了新的追逐和打斗，最终琼斯抢先一步，找到了藏有法柜的地方。
可就在他们把法柜弄出墓室后，再次重复了开头的一幕，敌人和拜耳劳库抢走了法柜，并把琼斯和玛丽安关在了满是毒蛇的墓室里。
