除了舰船武器、装置外，指挥官也会对舰船产生很大的影响。指挥有着植入体系统，装配植入体也会提高舰船的属性。指挥官有4种属性，分别可以提高武器伤害、护盾最大值、能量最大值和速度最大值。指挥官还可以通过解锁技能来增强舰船，比如“舰船操纵训练”可以提高舰船灵敏度。除了指挥官外，游戏还可以聘用其他舰长来指挥舰船在任务中援护你，或是去进行派遣任务。派遣任务主要分悬赏和挖矿两大类。
游戏的配装系统是本作的一大特色，根据自身舰船的天赋来配置更好的属性。由于运算力和功率的存在，你不能一味地堆高珍惜度的武器、装置，这也让配装系统更需要玩家的抉择，这也是星舰类游戏DIY的乐趣所在。
大繁若简的战斗
在宇宙场景内，玩家可以用手指拖动屏幕来进行视角操作，利用手势操作可以控制镜头的远近。屏幕左侧显示的是战斗中最重要的总览菜单，点击总览上的目标会马上将视角转向那个目标，并在没有手动改变视角的情况下，一直锁定该目标。而点击方框上的圆形按钮可以切换不同的总览，分别是地方舰船/建筑、友方建筑/NPC/队友、中立星球、星系，点击此排最右边的按钮可以进行排序。在茫茫宇宙中，想要快速选中敌人和掉落的物品，就要熟练总览的操作。
在太空中中双击任意位置，就会全速向那个方向行进。在右上方，目标信息下的几个按钮就是游戏内的交互面板，可以根据所选的目标来进行驾驶操作，这些按钮根据选中的目标类型不同也会不一样，当选中的是要塞时，分别可以接近、远离、环绕和进入目标地点；选中星门时可以进行接近和跳跃命令；选择虫洞时，则只有接近命令。而在战斗中，进行远离等操作也非常实用，比起手动操作要更好。
这些命令的下面还有一个战术视角的选项，开启后可以变为周围情况的大地图，可以很清晰地分析出周围的情况。
