当时防止多宝鱼吃多不消化患上肠炎，会用一种叫做土霉素的渔药来防控。土霉素价格较高，一些贪图便宜的养殖户就动起了歪心思，改用一种叫呋喃西林的抗生素代替土霉素，平均一斤呋喃西林可以省下将近10元。
不管池里的多宝鱼是有病还是没病，都会被投入这种药物，试图达成预防的效果。但多宝鱼代谢药物需要至少两年，随着繁殖和时间推移，体内的药残就沉积得越来越多。
毕竟大多养殖户只追求短期效果，养的鱼不得病大量死亡，能卖出去、赚到钱就是好事。他们自己也对违禁药致癌、畸胎等毒性有了解，所以自己不会去吃，但这些鱼流入市场，普通的消费者却对此一无所知。
人工养殖的多斤多宝鱼
2006 年11月，东窗事发。上海食品药品监督管理局对市场食用鱼进行了多项抽检，发现来自超市、批发市场和部分餐饮单位的30多件多宝鱼样品中，药物残留全部超标。
这件事引起了广泛的重视，上海市发布了严重消费预警，国家农业部、国家食品药品监督管理局等相关部门也迅速展开调查，山东、江苏、河北、浙江、福建、广东、 辽宁、天津等沿海城市都不能幸免。一时间超标问题频出，各地方政府纷纷下达禁令，山东使用违禁药的三个主要养殖企业被予以停售、监督销毁、罚款等重罚，市场多宝鱼迅速下架，退回的退回，销毁的销毁，以往爱吃多宝鱼的人也纷纷摆手，市价跌至最低9元一斤。
养殖者咬牙，经营者亏损，消费者恐慌，整个多宝鱼产业链遭受了巨大的损失。
水产品抽检工作
事件平息、市场开始回温事发之前，为上海多宝鱼市场提供鱼源的养殖企业大多数都是山东企业，事发之后损失最惨重的也是山东，当年有将近10个亿的产业付诸东流，从此一蹶不振。
但在严格的溯源下，各地养殖逐渐趋于规范，监管卓有成效。与此同时，辽宁方为了趁机抢占上海多宝鱼市场，采用打海水井抽取深层岩水的全新方式来养殖多宝鱼，那里的水温比较稳定地恒定在14℃左右，和多宝鱼之前的自然生长环境比较接近，也不容易得病，自然也不需要投放呋喃西林等违禁药。同时他们打出金字招牌，宣传如今的多宝鱼采取和之前完全不同的养殖方式，很大程度安抚了众心。
各类科普也接踵而至，解明“致癌”等很吓人的字眼也是有条件的，只有长时间、大剂量地摄入，致癌风险才会增大。以上海检测出多宝鱼中的硝基呋喃代谢物最高浓度为标准：一个人一天吃一公斤半的多宝鱼，要连续吃两年才会达到致癌的浓度。
多管齐下，众食客们重新念起了多宝鱼的好吃，2007年，多宝鱼的市价重新回到了几年前高峰期的80%左右；2008年，多宝鱼养殖产量又重新达到了05年7万多吨的水平，同时辽宁取代山东，成为了多宝鱼市场的最大供应地。
市场回温，“多宝鱼”又重新站起来了，这对于爱品尝美食的人来说何尝不是一件好事。
16年活鱼下架是为何？风波本来已经结束了，然而16年底发生的一件“超市活鱼集体下架”事件，又让消费者重新悬起了心。很多人都联想到了很多年前的多宝鱼事件，猜想是不是吃进肚子里的鱼又出了药检问题。
