巴戟天花序3~7伞形排列于枝顶；花序梗长5~10毫米，被短柔毛，基部常具卵形或线形总苞片1；头状花序具花4~10朵；花（2~）3（~4）基数，无花梗；花萼倒圆锥状，下部与邻近花萼合生，顶部具波状齿2~3，外侧一齿特大，三角状披针形，顶尖或钝，其余齿极小；花冠白色，近钟状，稍肉质，长6~7毫米，冠管长3~4毫米，顶部收狭而呈壶状，檐部通常3裂，有时4或2裂，裂片卵形或长圆形，顶部向外隆起，向内钩状弯折，外面被疏短毛，内面中部以下至喉部密被髯毛；雄蕊与花冠裂片同数，着生于裂片侧基部，花丝极短，花药背着，长约2毫米；花柱外伸，柱头长圆形或花柱内藏，柱头不膨大，2等裂或2不等裂，子房（2~）3（~4）室，每室胚珠1颗，着生于隔膜下部。
巴戟天聚花核果由多花或单花发育而成，熟时红色，扁球形或近球形，直径5~11毫米；核果具分核（2~）3（~4）；分核三棱形，外侧弯拱，被毛状物，内面具种子1，果柄极短；种子熟时黑色，略呈三棱形，无毛。
