白腰朱顶雀繁殖期主要在5-7月间，最早4月初就开始营巢。到达繁殖地后不久雄鸟就开始求偶活动，站在树顶和高的灌木顶端鸣唱，或在空中做求偶飞翔。营巢于树木低枝上或灌丛中，距地高0.5-2米，最高到4米，偶尔也有在地上草丛中筑巢的。巢呈杯状，由枯草茎、草叶和细枝等材料构成，内垫有羽毛、柳絮等柔软材料。每窝产卵4-6枚。卵淡蓝色或绿色、被有褐色斑点。卵产齐后开始孵卵，由雌鸟承担，孵化期10-11天。
白腰朱顶雀除繁殖期多成对活动外，常成5-7只或10多只的小群活动，迁徙期间有时亦见数十只甚至上百只的大群，常于草棵、谷穗、灌木和树枝上活动和觅食。性不畏人，取食或选择巢对时，人距它很近时方飞去。常一鸟先飞，群鸟随而紧跟。
