阿巴亥得知后，将藏物品转移，努尔哈赤派搜查者一无所获地回去了。但当阿巴亥派人去取时，被达尔汉碰个正着。达尔汉为了不连累自己，便将被抓住的人交给努尔哈赤。努尔哈赤愤怒，他命人*死为阿巴亥收藏财物的人，并开始了更加严厉的追查。
于是，有人在她儿子阿济格家中的两个柜子里查到阿巴亥所藏的三百匹布，在阿巴亥母亲家中又搜出放在暖木大匣子里的银两。连平素与她亲善相好的孟古福晋也将她出卖，有的说阿巴亥给总兵官妻子一匹布，有的说她给参将妻子绸缎朝衣一件，还常常偷偷将财物给予村民。
努尔哈赤实在忍无可忍，他感到阿巴亥居心叵测，令自己颜面无存。于是，努尔哈赤传谕众人，历数阿巴亥种种不端。他本想*死阿巴亥，出出这口恶气，想到阿巴亥所生的孩子还小，只将阿巴亥逐出汗府。
有人认为，德因泽之所以告发阿巴亥，是受皇太极的指使，皇太极的目的是排挤代善，而德因泽的目的无非打击阿巴亥。
阿巴亥为自己的无知付出了代价，受到了努尔哈赤的冷落，不过好在这种局面并没有维持太久！1621年，当努尔哈赤攻下辽东之后，阿巴亥又被重新立为大妃，从阿巴亥被废到重新立为大妃，前后不过短短数月，但这对努尔哈赤来说，却是度日如年，所以努尔哈赤亲自把阿巴亥接进辽阳城。
1622年，屡战屡败的大明皇帝想挽回面子，并派出三万精兵死守广宁城。努尔哈赤亲自前往阵地，为了将士们打气，最终士气高涨，女真族大获全胜。大妃阿巴亥也率领众福晋组成慰问团，火速抵达前线。
1623年，努尔哈赤带着阿巴亥出巡，两人畅叙爱恋之情，亲昵一如当年。阿巴亥原以为这样幸福会一直延续下去，但是比他大31岁的一代雄主努尔哈赤已经踏上了末路。
1626年，隐忍数年未发的努尔哈赤，出手却败在了大明强将袁崇焕宁远城下，这对努尔哈赤是一个沉重的心理打击，此时努尔哈赤觉察到自己浑身上下不适。二贝勒阿敏的建议他到清河汤泉去泡温泉疗养。
此时，努尔哈赤爷命大妃阿巴亥赶来与他相会，阿巴亥一直陪伴在他的身边。本来努尔哈赤要带着阿巴亥赶回盛京宣布临终遗命。可惜努尔哈赤没撑到最后，在回盛京的路上病逝，享年68岁。
努尔哈赤死后，四大贝勒就心急火燎地关心老汗王在弥留之际是否留下遗嘱，问阿巴亥努尔哈赤究竟把汗位传给了谁。阿巴亥说：多尔衮继承汗位，由代善来辅助。
诸贝勒对阿巴亥所说的遗嘱嗤抱着轻蔑的态度，首先，他们否定了多尔衮继汗位的遗嘱。其次向阿巴亥传达了另一份遗言：阿巴亥与老汗王相处二十余年，老汗王舍不得丢下阿巴亥，在老汗王走时，让阿巴亥殉葬。
阿巴亥本来只想为自己未成年的孩子争取前途的，她怎么也没有预想到，四大贝勒竟然以置自己于死地的方式予以反击。
其实，阿巴亥高居大妃之位，又有多尔衮与多铎两个优秀儿子，这种生殉的事根本轮不到她的头上的，只是她终究太年轻，在诸贝勒相逼下，在百般无奈下，阿巴亥被迫自缢徇死，有的说她是被弓弦勒死。
