冷战时期西方阵营出于遏制苏联这一主要战略对手的目标才刻意与独立自主的南斯拉夫保持相对良好的外交关系。苏联解体后乌克兰等加盟共和国的独立使苏联势力全面退出巴尔干半岛。南斯拉夫已不再具有遏制俄罗斯南下的战略意义。此后西方国家开始巧妙利用南斯拉夫内部各族系之间的矛盾煽风点火。1991年6月25日斯洛文尼亚和克罗地亚两个加盟共和国脱离南斯拉夫联邦宣布独立。10月15日波黑宣布独立。11月20日马其顿宣布独立。
6个加盟国中只剩塞尔维亚与黑山组成的南斯拉夫联盟共和国作为南斯拉夫的延续继续存在。在南斯拉夫解体的过程中以阿尔巴尼亚族人口为主的科索沃自治省也爆发了以独立为目标的科索沃民族主义运动。从90年代中期以来科索沃的阿族游击队就以塞族军政人物及设施为目标进行游击战。到了1999年科索沃地区的冲突引发了北约的干涉。在这场战争中发生了我国驻南斯拉夫大使馆遭北约轰炸的事件。
1999年6月科索沃战争结束后作为塞尔维亚自治省的科索沃实际上成为了一个事实上独立的政治实体。2003年2月4日南斯拉夫联盟共和国更名为塞尔维亚和黑山国家联盟。从此“南斯拉夫”作为一个国家的名字不复存在。2006年6月3日黑山宣布从国家联盟中独立。2008年2月17日科索沃宣布脱离塞尔维亚。目前承认科索沃独立和不承认的国家基本上一半对一半。在南斯拉夫解体过程中爆发的一系列内战留下了各种各样的民族仇恨。
从1992年到1995年克罗地亚战争导致当地人口从475万减少到440万。同一时期的波黑战争造成数十万人死亡、超过百万人沦为难民。1999年北约对南联盟的轰炸造成1800人死亡、6000人受伤以及高达2000亿美元的经济损失。南斯拉夫解体前本就比较富裕又与西方国家走得比较近的斯洛文尼亚、克罗地亚如今已跻身发达国家行列。另一方面塞尔维亚、黑山、马其顿等国的人均收入水平在富国扎堆的欧洲几乎就是垫底的。
