《动物森友会》中的花朵配种原理并不简单。花朵的颜色以及种类其实是所谓的基因决定的，基因一般包含了三至四组二进制数字，每组数字有“00”、“01”、“11”三种选择（没有10）。玫瑰比一般的花朵复杂一些的一个原因就是玫瑰有四组二进制数字，比如白色玫瑰种子的基因是“00-00-01-00”，红色玫瑰种子是“11-00-00-01”。
那么配种的规律是什么呢？花朵每组对应的二进制数字会根据以下原理生成新的数字，我们来看看：“00”配“00”必得“00”；“11”配“11”必得“11”；“00”配“11”必得“01”；“00”配“01”会得到“00”（50%）和“01”（50%）；“01”配“11”会得到“01”（50%）和“11”（50%）；“01”配“01”会得到“01”（50%）、“00”（25%）以及“11”（25%）。
上述规律看似复杂，其实也不难理解。就以白色玫瑰种子（00-00-01-00）与红色玫瑰种子（11-00-00-01）的配种来举例。第一组“00”配“11”必得“01”，以此类推，我们会得到四个结果：“01-00-00-00”（红，25%）、“01-00-00-01”（粉红，25%）、“01-00-01-00”（红，25%）以及“01-00-01-01”（粉红，25%）。我们注意到：虽然白配红出来了红色（50%）和粉色（50%），但是同色中基因会不一样，肉眼无法分辨。
了解了原理之后，我们再来看看蓝色玫瑰的基因“11-11-11-00”，要得到“11”，用“01”和“01”配是有可能出的。于是，很多攻略告诉我们需要“白白出紫、红黄出橙，再用紫橙种出所谓的特殊红，两朵特殊红玫瑰配，就有机会种出蓝色玫瑰”。通过上图我们可以知道：所谓的“特殊红”其实是“01-01-01-00”，只有这种红花相配才有可能出蓝色玫瑰！
