玉泉山水一部分在山势低洼处喷薄而出，成为地上泉，另一部分则洑流地下。刘秉忠、郭守敬等人就是沿着玉泉山水的洑流，一路追踪，最终确定龙穴的。
尽管元代皇宫早已荡然无存，但这条地下龙脉数百年未变。它从故宫的西北方潺潺而来，穿过中海、北海之间，在故宫西北角向东南潜入地下，先后经过慈宁宫、中和殿、文华殿和文渊阁之间、东华门外至东安门大街，到达王府井，然后继续向南斜插，流经今天的协和医院、古观象台，出京城而去。
刘秉忠向忽必烈建议，以京城正门丽正门与门外第三桥南一棵古树的连线为皇宫的南北中轴线，中轴线与龙脉的交叉点即为“龙穴”。元代皇宫的大殿主殿——大明殿便屹立于此。
公元1406年，当永乐皇帝朱棣在元朝皇宫的废墟上着手营建紫禁城的时候，新王朝的龙穴依然在这条玉泉山水化身而成的龙脉上。只不过因为重新设定了紫禁城的中轴线，较元代稍微偏东，所以龙穴位置便稍稍不同。
明代紫禁城的中轴线与龙脉的交叉点大约在如今中和殿的位置，紫禁城的宫殿楼阁都是围绕这个交叉点按照规划依次排列。明代一向将三大殿——奉天殿、华盖殿、谨身殿视为整体，以“奉天三殿”称之，后来的中和殿正好居于三大殿之间，所以龙穴位于此便顺利成章。
