清入关之前，新君之立，由八旗亲王、郡王、贝勒等商议决定。这次帝位继承，不经过八旗王公大臣会议议立，而以遗诏形式指定皇三子玄烨为嗣帝，在清朝历史上是第一次。这是在孝庄太后主持下，对旧有帝位继承制度的大胆改革。从此，国君由公议改为指定，由出自皇族改为出自皇子，成为定制。
顺治帝驾崩，朝廷上下，不但诸王大臣，即使普通官员，一般也都希望由皇子继承帝位。据中书舍人张宸《杂记》记载，当时外城各门全都关闭，士兵站岗，全城戒严，大街小巷空寂无人，大家都惶恐不安。午后四时左右，召百官携朝服入朝，进门即令赴户部领孝帛，然后到太和殿西阁门。遇同官魏思齐，打听由谁继帝位。回答说：“吾君之子”，“心乃安”。可见，以皇子继位，在当时顺天心，合人意，有利于稳定政局。
帝位继承制度的重大变化之所以能行得通，而且是众口一词，原因有二：一是皇权已经进一步加强和巩固，诸王的权势大为削弱，诸王与皇帝已非共议国事关系，而是诸王、大臣在皇帝谕旨下奉命议事。也就是说，皇权高于一切，达到不能分割、不可转让的程度，所以皇位必然世袭。二是清朝入关后，对关内传统的中央集权制多有吸收；广大汉族官民，认可并习惯子承父位的皇位世袭制度。即使是皇帝家族内的兄终弟及，也意味着皇权的转移和再分配，容易引起纷争。乞求“太平和丰年”的百姓，最怕政局动荡，不得安生。所以说，这次帝位继承制度的改革，是适应客观环境，顺应历史潮流之举。
顺治十八年正月初九日，玄烨在祖母孝庄太皇太后亲自主持下即皇帝位。颁诏大赦天下，改明年为康熙元年。定顺治帝谥号为章皇帝，庙号世祖。康熙元年（1662年）八月，康熙尊祖母为太皇太后，尊母后（顺治帝皇后）为仁宪皇太后，尊生母为慈和皇太后。
康熙一词，满文原意：安定、太平、安乐，表明清朝统治者在遭到人民长期抗击之后，渴望出现太平、安乐的局面。顺治帝生前已基本实现了中原地区的统一。但活跃于东南沿海地区的郑成功仍有相当势力，入据台湾后，仍不时*扰大陆。侵入黑龙江流域的沙俄势力亦有待于驱逐；漠西厄鲁特蒙古和漠北喀尔喀蒙古尚需进一步加强管理。总之，统一全国、保卫边疆、轻徭薄赋、察吏安民等任务相当繁重。少年皇帝任重而道远。
玄烨即帝位刚两个多月，江南桐城县生员周南，到皇宫门前条陈十款。其中第十款是：“请垂帘以襄盛治之隆。”他援引宋代皇太后临朝称制的先例，建议孝庄太皇太后垂帘听政。宋朝第五代皇帝宋英宗，嘉祐八年（1063年）即位，不久因病不能掌理朝政，由曹太后垂帘听政，英宗病情好转，曹太后撤帘还政。英宗死后，他与皇后高氏所生的长子即位，是为神宗。元丰八年（1085年）神宗死，哲宗即位，年仅十岁，高氏以太皇太后身份垂帘听政，临朝九年，直至元祐八年（1093年）病故。历史上有先例可循，孝庄太皇太后垂帘听政顺理成章。
孝庄太皇太后德高望重，完全有驾御朝政的能力和威望。然而，她毫无谋取个人权力和至高地位的*；是历史把她推到或说逼到这一步，她才勇敢地把重担挑起来。除了一心辅佐皇孙做一个好皇帝之外，别无所求。因此断然拒绝了周南的建议。
举世公认，康熙是中国古代封建社会一位有作为、受后人称道的皇帝。他之所以能如此，重要因素是祖母的教导和辅佐。玄烨本人感受最深，康熙二十六年十二月太皇太后病重，他“五内忧灼，莫知所措”，对臣下说：“忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下，三十余年，鞠养教诲，以至有成。设无祖母太皇太后，断不能致有今日成立。”
对于只有八岁的孙儿皇帝，太皇太后功夫主要用在两个方面，一是让他直接参与听政、议政、决策大事的实践过程，逐步学会独立掌理朝纲；一是教以治国之道。康熙即帝位后，继续选择品学兼优的官员讲授中国古代圣贤书籍。他曾回顾：“朕八岁登基，即知黾勉学问，彼时教我读句者，有张、林二内侍，俱系明时多读书人，其教书唯以经书为要，至于诗文，则在所后。”由于他勤学苦读，故对“帝王政治，圣贤心学，六经要旨”，有准确的领悟。更有太皇太后经常教导。康熙登基时，太皇太后就训诫说：自古都说当皇帝难，众多的百姓对居于其上的皇帝寄予殷切的期望。所以皇帝必深思“得众则得国之道”，使全国都安乐富庶，大清江山才能永远巩固。你要“宽裕慈仁，温良恭敬”，一言一行，时刻谨慎，恪勤政事，以便承担起你祖父和父亲留下的基业，让我放心。康熙不辜负祖母的期望，将祖母的教诲牢记心中。有一次，太皇太后在众官员面前问康熙有何愿望，他胸有成竹地回答：“唯愿天下乂安，生民乐业，共享太平之福而已。”官员们听了，一致赞颂，认为：“盖抚驭万方，驯致太平，其基已肇于此。”
自从顺治帝驾崩，太皇太后就开始掌管起重大朝政，但不直接出面处理政务。为了国家政务有效运转，皇帝亲政前，实行四大臣辅政体制。康熙即帝位第五天，太皇太后谕诸王、贝勒、大学士、都统、尚书等文武官员说：“尔等思报朕子皇帝（即顺治）之恩，偕四大臣同心协力以辅幼主，则名垂万世矣。”
四大臣是顺治帝在临终指定皇太子时，亲自从直属皇帝的上三旗中选任四名亲信大臣为辅臣：内大臣索尼（正黄）、苏克萨哈（正白）、遏必隆（镶黄）、鳌拜（镶黄）。令他们辅助幼帝，佐理政务。顺治帝的遗诏，来自孝庄太后的建议，并在她的亲自主持下实施。在顺治帝逝世后仅七八天之内，便确立了一个新的统治核心。它“以太后为中心，遗诏为根据，惩于前次摄政之太专，以异姓旧臣当大任，而亲王贝勒监之”。[1]
按清朝传统旧制，皇帝年幼，国家政务应由宗室诸王摄理。世祖福临幼年，由睿亲王多尔衮摄政，由于权势过大，竟然觊觎皇位。因此，孝庄太后大胆改革传统旧制，决定由上三旗元老重臣共同辅政。上三旗大臣，与皇帝休戚与共，命运相连，又与皇位无关，他们与太皇太后及皇帝之间，除君臣关系之外，还有旗主和旗员之间的严格隶属关系，要随时向太皇太后请示汇报。据朝鲜使臣在中国了解的情况：“四辅政担当国事，裁决庶务，入白太后。”
四大臣辅政体制，体现太皇太后、年幼皇帝和四大臣的共同领导关系。凡事由四大臣集体商议，年幼的康熙帝与辅臣共同听政，奏请太皇太后决策。或太皇太后提出问题，四大臣商议，皇帝下令实施。如：顺治朝仿明制，设内官十三衙门，委任宦官，取代内务府，致太监得宠，与外官勾结受贿。太皇太后认为这是更张祖制，渐习汉俗的主要过错。因而于顺治十八年（1661年）二月十五日，以康熙皇帝名义下令革除内官十三衙门，恢复内务府。又如：顺治朝撤销理藩院，将外藩事务划归礼部管理，一般仅限于对前来朝贡者设宴接待和颁发赏赐。这是明朝的做法。所以，顺治年间与外藩蒙古的关系有些疏远，管理大为削弱。太皇太后于顺治十八年三月二十九日，降谕吏、礼二部称：“太宗皇帝时，蒙古各部落尽来归附，设立理藩院，专管外藩事务，责任重大。今作礼部所属，于旧制未合。”遂决定重设理藩院，并扩大其职权。
康熙初年四大臣辅政体制建立，至康熙八年（1669年）五月，捉拿鳌拜，废除辅臣体制，凡八年零五个月，史称“辅政时期”。
