1879年，尼采辞去巴塞尔大学的教职。同年尼采失恋，又染上了眼疾，身体更加衰弱，不能进行大部头的写作，只能写下格言式的杂录。后来这些杂录整理成为《善恶之外》和《道德之谱序》等书。尼采提出了一种新的道德标准，“以恶为善，反善为恶”，（道德观念是因人而异，由于生存斗争，优胜劣败，弱肉强食，从而只有那些能使人优胜、强健的思想和行为能称为“善”，由此，尼采推崇的是属于男性的刚强，并以冒险、勇猛果敢的手段来实现所谓的“善”。）向神圣不可侵犯的基督教道德提出了挑战。
1881-1882年间，尼采写成了《朝霞》一书，并出版了《愉快的智慧》。
1884年出版了他的代表著作《查拉图斯特拉如是说》。作品用诗的体裁把他的全部哲学充满激情地表达了出来。查拉图斯特拉是古代波斯拜火教的创始人，尼采借他之口来表达自己的哲学思想。尼采找到了他要的新神—— 超人”，找到了全新的宗教——“万物轮回”，找到了通向新世界的道路——“冒险”。“超人”被看成是最健全的、最完整的人，是尼采心目中的理想世界的建设者，同时也是整个人类的希望和人类最终要达到的目标。“人是要被超越的一种东西。自来的一切生物都创造某种东西超越了自己。”其次，尼采提出“上帝死了”的口号，否定基督教和上帝。尼采还以“一切价值重新估价”作为口号，批判基督教宣扬的“奴才道德”。尼采又提出了“万物轮回”的思想。世界上的一切事物和现象都要进行重演，现实存在的一切都不是固定不变的，一切都将毁灭，毁灭以后又会再生。所以，人应当在永恒的轮回中去实现自己的意志的张扬。
尼采把意志和人统一起来：人的意志和人的*，潜能，行动统一起来，这样人就不再受任何在人之外的力量支配，作为一个人的自己成为一个自由的实体，成为自己的主人，成为世界的主人，成为意志的主人。尼采的哲学不再悲观厌世，不再逃避，而是一种主动入世，积极行动的哲学。为所有那些处于困境的，对自我不满足的人，在精神领域开辟了一条用“战斗”、甚至是“毁灭”来达到“上升”和“欢悦”的道路。
1888年，尼采意识到了自己的生命即将结束，爆发了极大的精神力量完成了《偶像的毁灭》、《瓦格纳真相》、《反基督徒》等著作。包括尼采的自传《看啊，这个人》也在这一时期完成。
天才与疯子一线之隔
1889 年 ，尼采在意大利北部城市都灵看到一匹正在拉车的疲惫的老马，他满含热泪，走上前去抱住老马，摔倒在街头，后被收容在耶拿大学精神病院。在母亲和妹妹的照料下，于1900年尼采在魏玛去世。
