《青年杂志》于1916年9月出版第二卷第一期时，并改名为《新青年》迁往北京， 李大钊、鲁迅、胡适等成为主要撰稿人。蔡元培出任北京大学校长后，邀请了许多有新思想的学者到校任教。这样，《新青年》和北京大学成为新文化运动的主要阵地。进步知识分子团结在《新青年》周围，高举民主和科学两面大旗，从政治观点、学术思想、伦理道德、文学艺术等方面向封建复古势力进行猛烈的冲击。他们集中打击作为维护封建专制统治思想基础的孔子学说，掀起“打倒孔家店”的潮流。他们还主张男女平等，个性解放。
1917年起他们又举起“文学革命”的大旗，提倡白话文，反对文言文，提倡新文学，反对旧文学。随着新文化运动的发展，《新青年》实际上成了新文化运动的思想领导中心。《新青年》从1918年1月出版第四卷第一号起改用白话文，采用新式标点符号，刊登一些新诗，这对革命思想的传播和文学创作的发展，起着重要的作用。
特别是伟大的文学家、思想家和革命家鲁迅，1918年5月在《新青年》上发表了中国现代文学史上第一篇白话小说《狂人日记》，对旧礼教旧道德进行了无情的鞭挞，指出隐藏在封建仁义道德后面的全是“吃人”二字，那些吃人的人“话中全是毒，笑中全是刀”，中国2000多年封建统治的历史就是这吃人的历史，宣告“将来容不得吃人的人，活在世上”。
初期的新文化运动的基本口号是拥护“德先生和赛先生”，“德先生”指的是“Democracy”（民主），“赛先生”指的是“Science”（科学），就是提倡民主和科学。当封建主义在社会生活中占据支配地位的时候，提倡民主、反对独裁专制，提倡科学、反对迷信盲从，有着历史的进步意义。
