“日本真打进来，家门口就是扬子江 ”
1939年9月，希特勒在欧洲发动“闪电战”，不久就占领了大半个欧洲。1940年6月法国投降后，与希特勒结盟的日本很快占领了“法属印度支那半岛”（今越南、老挝和柬埔寨）的北部，轰炸中国西南变得容易了。同营造学社关系密切的中央研究院历史语言研究所、社会科学研究所、中央博物院等单位为了保护珍贵的资料和文物，决定迁往腹地四川。由于研究古建筑需要这些单位的资料支持，营造学社决定一起搬迁。
林徽因一家随之迁徙到四川宜宾的李庄，一个他们从未听说的长江南岸的小镇。这里气候阴冷潮湿，对患过肺病的人很不利。“我们到达李庄是在1940年的12月。1941年春节前，妈妈的肺结核症复发了。她的病症来得极为凶猛：连续几个星期高烧到40度不退，夜间盗汗不止。当时爹爹正在重庆请求政府教育部资助营造学社的经费。李庄没有自来水和电灯，也没有医院，没有体检的条件。当时没有肺病特效药，妈妈身边也没有任何医护人员，可怜的妈妈只能独自一人苦苦挣扎。我早上起床时，常看到她床前挂着十几条被汗浸湿了的毛巾。看到她病得一天比一天厉害，我那时真怕会失去妈妈。”梁再冰回忆说。
1941年4月，梁思成回到李庄。他没能给病重的林徽因带来药品，相反，他带来了噩耗——林徽因的三弟、空军飞行员林恒在成都上空迎击日机时阵亡了。林徽因听闻这个消息，伤心欲绝。
除了亲弟弟以外，林徽因在抗日战争中还失去了其他飞行员“弟弟”。林徽因和梁思成曾在晃县邂逅一批前往昆明的空军航校学员，他们住在同一家旅馆。后来，他们把林徽因当作长姐，患难中建立了深厚的感情。到昆明后，林徽因和梁思成成了这些学员的“名义家长”。在李庄，林徽因陆续听到他们在战场上牺牲的消息。梁从诫曾说：“不到两年，昆明那批空军朋友中的最后一名幸存者，也是母亲最喜欢的一个，又在衡阳战役中被击落后失踪了。他们的死在母亲精神上的反响，已不限于对亡故亲人和挚友的怀念感伤。她的悼亡诗《哭三弟恒》可以说不是只给三舅一个人，而是献给抗战前期她所认识的所有那些以身殉国的飞行员朋友的。从中可以看出当时她对民族命运的忧思和对统治当局的责难。”林徽因在这首诗中写道：“别说是谁误了你，是时代无法衡量；中国还要上前，黑夜在等天亮……你永不会回来了，我知道；青年的热血做了科学的代替，中国的悲怆永沉在我的心底。”
1944年，12岁的梁从诫同林徽因谈起日军占领贵州都匀、直逼陪都重庆的危局，问母亲：“如果日本人真打进四川，你们打算怎么办？”林徽因答道：“中国念书人总还有一条后路嘛，我们家门口不就是扬子江吗？”梁从诫急了，又问：“我一个人在重庆上学，那你们就不管我啦？”病中的母亲握着梁从诫的手说：“真要到了那一步，恐怕就顾不上你了！”这是第一次，梁从诫觉得，自己温柔的母亲，变成了一个“别人”。
在李庄，一家人的生活水平明显下降。居住的房间以木板和竹篾抹泥为墙，梁柱被烟熏得漆黑，房顶上有竹制顶篷，老鼠和蛇常常出没其间，木床上的臭虫成群结队。由于物价不断上涨，拿到钱后必须立即购买柴米油盐，否则便会“缩水”。面对战时大后方的艰苦，梁思成、林徽因从未有丝毫彷徨。梁从诫曾回忆，“母亲这时爱读杜甫、陆游后期的诗词，这并非偶然”，她从中汲取着中国传统读书人的爱国情操。
“不顾一切地、在极端艰苦的条件下致力于学术”
在李庄的4年多时间，虽然生活困顿，重病缠身，但林徽因对未来始终保持着一种坚韧的信心：相信抗战必会胜利，相信中国建筑研究事业会继续。这种信念极大地帮助了她。在病床上，她开始读书。
“妈妈开始很认真地阅读《史记》与《汉书》等古籍并做笔记，为营造学社研究汉代乃至更早时期的建筑做文献准备，这是后来爹爹主持《中国建筑史》的写作不可或缺的。”梁再冰告诉环球人物杂志记者，“妈妈关注各个时代的建筑物和‘人’的关系，同时也进入了各种历史人物的世界”。
这一时期对营造学社而言，是苦苦挣扎却硕果累累的时期。梁再冰说：“在李庄如豆的灯光下，爹爹和妈妈整理出了他们多年古建筑研究的资料，后来成为中英文版本的《图像中国建筑史》，那是用他们的血肉之躯换来的。”
林徽因还付出极大的心血，同营造学社成员一起，协助梁思成恢复出版了两期《中国营造学社汇刊》，“这两期汇刊出版过程十分艰苦，从石印刻版到印刷全是他们手工操作，装订的时候连外婆都参与了。”
1944年，梁思成在《汇刊》第七卷第一期发表了《为什么研究中国建筑》：“研究中国建筑可以说是逆时代的工作。近年来中国生活在剧烈的变化中趋向西化，社会对于中国固有的建筑及其附艺多加以普遍的摧残……如果有复兴国家民族的决心，对我国历代文物加以认真整理及保护时，我们便不能忽略中国建筑的研究……一个东方老国的城市，在建筑上，如果完全失掉自己的艺术特性，在文化表现及观瞻方面都是大可痛心的。”
类似的观点，林徽因早在美国宾夕法尼亚大学求学时也公开表达过：“荷兰的砖瓦匠与英国的管道工，正在损害着中国的城市，充斥各个城市的是那些他们称之为新的时髦式住宅的滑稽而令人讨厌的范例。比如一座中国住宅被添上法国式的窗子，美国殖民地式的门廊和大量并不必要的英国式、德国式、意大利和西班牙式的装饰细部，这是对东方艺术的亵渎。”
正是对中国建筑的赤子之心，支撑着他们度过了艰难的战争岁月。美国哈佛大学教授费正清说：“战后我们曾经在中国的西南重逢，他们都已经成了半残的病人，却仍在不顾一切地、在极端艰苦的条件下致力于学术。我为我的朋友们这种坚韧不拔的精神而深受感动。依我设想，如果美国人处在此种境遇，也许早早就抛弃书本，另谋生存之道。”
“怎么写的没有你们看见的那么好”
抗战后期，他们就开始考虑战后人才培养的问题。1945年3月9日，梁思成写信给清华大学校长梅贻琦，建议复员后的清华大学成立建筑系，梅贻琦接受了这个建议。1945年8月，日本投降的消息传到了大西南。当时，梁思成和梁从诫在重庆，林徽因和女儿、母亲在李庄。一家人分隔两地，和亿万同胞共享这等待了8年的胜利喜悦。
一年后，1946年7月，一家人乘坐西南联合大学的包机，回到了北平这座受尽蹂躏的古都。梁从诫曾回忆：“我的父母也许没有料到，这一走就是9年。当时他们都还年轻、健康、漂亮，回来时却成了苍老、衰弱的病人。”在北平复校的清华大学正式成立建筑系，聘梁思成为系主任。
不久，梁思成应邀赴美讲学和考察。创办建筑系的工作实际上落在了系里聘请的第一位教师吴良镛以及林徽因身上。如果说战时，林徽因写出了《现代住宅设计的参考》，把目光投向民宅修建，已经表现出对未来的前瞻，那么战后，筹建清华大学建筑系，更是一件薪火相传的事。她躺在病床上，全力支持吴良镛的工作，从桌椅板凳的行政琐事，到排课授课的学术问题，事无巨细，出谋划策，确保9月份开学后建筑系第一班学生能正常上课。
清华大学教授朱自煊，是建筑系第一班学生，他告诉环球人物杂志记者：“林先生从1947年1月开始授课，讲住宅设计、装饰等。当时的建筑系设在水利馆二楼，台阶很高，生病的林先生根本上不去，我们就到她家里听她讲课。她不在系里挂名，完全是义务讲课。”
住宅设计在当时属于新课题，相关资料很少，林徽因对学生要求很严。学生茹竟华、王其明调查圆明园附近的营房，回来后向林徽因绘声绘色地描述：“在干涸的黄土地上零乱的村舍间，忽然出现一片绿树丛，穿过树丛，透过倒塌的围墙，看到一排排的四合院，进入里面，又有办公事的厅、小庙、水井、仓库、学校等设施。那些突然出现的意外景象真有《桃花源记》中叙说的感受……”可两人写成论文初稿时，林徽因问：“怎么写的没有你们看见的那么好？”
林徽因说的“没那么好”，是指缺乏“建筑意”——这是她1932年在《平郊建筑杂录》中提出的概念，指建筑之美，“在建筑审美者的眼里，都能引起特异的感觉，在‘诗意’和‘画意’之外，还使他感到一种‘建筑意’的愉快……顽石会不会点头，我们不敢有所争辩，那问题怕要牵涉到物理学家，但经过大匠之手艺，年代之磋磨，有一些石头的确是会蕴含生气的”。
当时，学生们得到林徽因面授机宜的机会并不多。当年的学生陈志华告诉环球人物杂志记者：“我们每次到林先生家里请教，当时的代理系主任吴柳生就跟我们说：‘时间不要太长啊，早点回来，别把她累坏了。’我们越敬佩林先生，就越不敢打扰她。”
1947年夏天，梁思成回国，决定把建筑系改为营建系，成立市镇组、园林组、美术组、文物馆组等。“林先生自然积极地支持、参与这一切。”吴良镛说。朱自煊也向环球人物杂志记者回忆：“他们的观点一致，他们的一生都奉献给了同一个事业。我们平常都称他们为‘梁林’。梁先生的图比林先生画得好，而林先生的文笔比梁先生更流畅，文学味道更浓醇。所以梁先生说‘我的文章都是林先生润笔过的’。”
但同时，林徽因的健康状况在恶化。1947年冬天，她接受了摘除受感染的肾脏手术。
“国徽的红色中也有妈妈的一小滴血”
新年到来后，北平在孕育新的生机，各高校师生已经在期待新中国的诞生。梁从诫生前曾说：“此时，不断有人来劝林徽因和梁思成‘南迁’或出国，他们一概不响应。”林徽因有一位老友，抗战后期全家去了美国，1948年有人说：“某公是不会回来的了。”林徽因正色厉声道：“某公一定会回来！”果然，那位老友在新中国成立前，举家回到清华园。“当时，他们对共产党可能不太了解，但对国民党的腐败早已深恶痛绝。更何况，最重要的是，他们满心扑在了中国的建设上。”梁再冰说。
