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崩坏学院2与崩坏3rd虽然都是米哈游的崩坏ip的角色，但是在世界观，人物设定上仍然有很多不同，而这些剧情上的不同也让崩坏学院2和崩坏3rd的世界观与故事背景出现区别。这里就先暂时讲一下三大主角（琪亚娜，芽衣，布洛妮娅）的人物经历等上面的区别。
崩坏学院2：主要剧情为以长空市为起点，依次与芽衣，布洛妮娅达成好友关系，后遭遇天命战舰，布洛妮娅产生敌意引发*乱后三人被无量塔姬子带到圣芙蕾雅学院。
在圣芙蕾雅学习时，布洛妮娅被逆熵控制，与逆熵大部队联系并带来攻打圣芙蕾雅学院，后清醒并再次与主角一同站在一队返攻逆熵。最后月光王座成功侵入教条区，并使琪亚娜与第二律者的核心融合，使得琪亚娜成为第十四律者终焉律者，在*死几乎所有人后重启世界（主线）
崩坏3rd，主角一行人从一开始就处于圣芙蕾雅学院。（现剧情，原崩三剧情于第二村结尾时布洛妮娅被控制与主角打起来而非西琳的持续意识*扰），后琪亚娜前往新西兰回收渴望宝石，又因温蒂，芽衣被可可利亚抢走，布洛妮娅反水，前往me社并最终与天父战斗，取胜返回，但布洛妮娅烧毁了自己的生物芯片，为了拯救布洛妮娅，德莉莎前往天命数据库，但琪亚娜在背后跟随也进入数据库并最终觉醒西琳意识（然后被符华打懵一次回收），一行人又再次踏上拯救琪亚娜的路途，但琪亚娜觉醒变身为氯化钠.....（然后剧情就到这里，第九章尚未开完）
