但他这时还未意识到，教皇罗德里戈的儿子、教皇军总司令——西泽尔·波吉亚率领军队对蒙特里久尼发动了围攻。
此战使刺客组织损失惨重：蒙特里久尼庄园被毁，马里奥叔叔被*，卡特琳娜被抓，金苹果落入敌手。战败后，艾吉奥带着母亲和妹妹，与百姓们一同从圣堂阿泰尔雕像背后的隐藏通道逃出了蒙特里久尼。
之后艾吉奥前往罗马，在马基亚维利（下图右二）的帮助下，招揽刺客的盟友，重建刺客组织，展开对波吉亚家族的全面反攻。
和2代一样，罗马的刺客盟友还是三类：巴尔托洛梅奥（下图左一）率领的佣兵、拉·沃尔佩（下图左二）率领的盗贼、妹妹克劳迪娅（下图右一）率领的娼妓。
在盟友的帮助下，艾吉奥潜入圣天使堡，救出了卡特琳娜。（卡特琳娜之后去了佛罗伦萨。现代剧情中，肖恩告诉戴斯蒙德，卡特琳娜数年后死于肺炎）
艾吉奥在罗马大量招募刺客学徒，扩大兄弟会的影响力，同时还遇到了老友达芬奇。达芬奇被波吉亚家族要求研究伊甸苹果，并用超越时代的技术为波吉亚家族发明了各种战争机器。达芬奇要艾吉奥将这些*人的战争机器一一摧毁，并帮助艾吉奥升级了武器装备。
