前言：我国行政区划多以省、市、区和县等单位命名，而内蒙却有独特的单位—旗。早在明末清初，满清为了强化对蒙古的控制力，仿照自身的八旗制度在蒙古推行盟旗制。所谓“旗”，即清太祖努尔哈赤为了适应自身发展的需要，以牛录为基础所设立的“固山”，因每个固山都有专属的旗帜，故而又名“旗分”。
满清依托蒙古旧有的社会组织形式，编织佐领、划定旗界，明令蒙古各旗不得互相侵越。久而久之，“旗”也就成了蒙古一种约定俗成的区划单位。相较于满清的时期的蒙古旗制来说，现在的蒙古各旗只是保留了单位名称，实质上相当于县级单位。内蒙共有52个旗，要弄清这些旗的来龙去脉，得从满清时期入手。
内蒙古地图
一、满清时期的外藩蒙古1、札萨克旗
所谓“外藩”，可以理解为藩属。所谓“札萨克”，即执政官的意思。满清整合蒙古各部的核心原则在于“分而治之”，这个“分”，不光是简单的将大化小，还有区别对待。满清对一些需要侧重于“抚”的蒙古部落会予以一定的自主权，在设旗分佐时会从其部落的贵族中选出一人担任扎萨克，故而这种旗被称为札萨克旗。
据统计，满清先后在漠南蒙古、喀尔喀蒙古和卫拉特蒙古设立200个札萨克旗，其中漠南蒙古的49个札萨克旗因归附时间较早，且和满清关系更亲近，故而被称为内札萨克，其他的151个札萨克旗则相应被称为外札萨克。像科尔沁部这种和爱新觉罗家族密不可分的部落自然归属内札萨克，只是被分成了6旗，其名传至今日的有4旗，分别是科尔沁左翼中旗、左翼后旗、右翼前旗和右翼中旗。
位于通辽市一带的科尔沁各旗
内札萨克另外的43旗中传名至今的还有巴林左右两旗、敖汉旗、阿鲁科尔沁旗、翁牛特旗（两旗并为一旗）、克什克腾旗、扎赉特旗、奈曼旗、扎鲁特旗（两旗并为一旗）、喀喇沁旗（原为右翼旗）、东西乌珠穆沁两旗（原为左、右）、苏尼特左右两旗、阿巴噶旗（三旗合并为一旗）、四子王旗、达尔罕茂明安联合旗（两旗合并为一旗）和乌喇特前中后三旗。
另外，内札萨克中鄂尔多斯各旗名称变化较大，其右翼前旗改为乌审旗、右翼后旗改为杭锦旗（后又析出杭锦后旗）、左翼前旗改为准格尔旗、左翼后旗改为达拉特旗、右翼中旗改为鄂托克旗（后又析出鄂托克前旗）、左翼中旗演变成伊金霍洛旗。也就是说内蒙52旗中有32旗源于内札萨克，且这32旗中有24旗直接沿袭了早前的部落名。至于源于外札萨克的则有阿拉善左右两旗（一分为二）和额济纳旗，共3旗。
位于赤峰市一带的翁牛特和敖汉等旗
2、喇嘛旗
七世纪中叶，由大唐和尼泊尔传入吐蕃的佛教与吐蕃本土宗教（苯教）互相影响，催生出了藏传佛教，也就是人们熟知的喇嘛教。后来元世祖忽必烈为了加强对藏区的管理，将喇嘛教萨迦派（俗称花教）的首领八思巴封为国师，并授其管理藏区军政事务的权利。随着元朝覆亡，萨迦派的核心地位逐渐被新兴格鲁派（俗称黄教）取而代之。
十六世纪，俺答汗为了强化自己在蒙古内部的影响力，特邀时任黄教首领的索南嘉措到蒙古地区传教。因为有世俗力量的加持，黄教迅速在蒙古地区广泛传播。及至爱新觉罗家族崛起之时，黄教在蒙古地区的影响力已经达到“唯喇嘛之言是听”，“凡决疑定计，必咨于喇嘛而后行”的地步。有鉴于此，爱新觉罗家族十分尊崇黄教，希望借助黄教的力量来对蒙古各部施加有利影响。
