满清在热河行宫修建了很多喇嘛庙
满清既然要和黄教搞好关系，自然不是说建几座寺庙就能OK的。俗话说，天下熙熙，皆为利来，天下壤壤，皆为利往。满清一方面表示承认其首领的地位，“只改换册印，仍袭其旧封”，一方面仿照世俗封授爵秩的办法给大小喇嘛封授职衔、名号，让大小喇嘛也能享受世俗特权。有此两招还不够，满清会酌情给予一些大喇嘛管理地方事务的权力，而且有相应的属地。
喇嘛旗正是在这种环境下诞生的，即“凡喇嘛之辖众者，令治其事如扎萨克焉 ”。据统计，满清先后在蒙古地区设立了7个喇嘛旗，比如由哲布尊丹巴活佛（统管喀尔喀蒙古的宗教事务）管理的哲布尊丹巴呼图克图旗。言归正传，这7个喇嘛旗中的锡勒图库伦札萨克达旗是顺治皇帝下令在漠南蒙古地区设立的唯一一个喇嘛旗，后演变成今天的库伦旗。
库伦旗的兴源寺
二、满清时期的内属蒙古1、总管旗
明朝中期，达延汗一统东蒙古各部，史载他为了扭转异姓贵族不断做大做强的不利局面，将各部整编为6个万户（左：喀尔喀、察哈尔和兀良哈，右：土默特、鄂尔多斯和永谢布），并让自己的儿子充任万户领主。考虑到蒙古地广人稀、不易管控，达延汗又秉承草原上的“两头政长制”传统，任命一名“济农”（意为副汗，由达延汗子孙出任）管理右翼，自己则亲掌左翼。
达延汗死后，蒙古再也没有出现一个威望像他这么高的大汗了，直接导致左右两翼长期不和，当前文中提到的俺答汗（达延汗之孙，土默特万户首领）成为右翼三万户实际控制人后，肆意欺压蒙古大汗，致使库登汗（达延汗之曾孙、俺答汗之堂侄）被迫向东迁徙。再往后，林丹汗（库登汗的玄孙）又西迁征服右翼。这里面左翼最强的是察哈尔万户（大汗直辖）、右翼最强的是土默特万户。
俺答汗时期的左右翼之争
有句话叫做越难管的越要管，像察哈尔这种长期由蒙古大汗亲掌、余威甚大的万户，满清自然要从严对待，像札萨克旗那样的自治权果断是不会给的，由满清自行派总管管理，即总管旗。史载察哈尔万户直接像满八旗一样被满清分成正黄和镶黄等八旗，至今除正蓝旗、镶黄旗和正镶白旗（两旗合并）的名字得以保留外，其余各旗演变成察哈尔右翼中旗、右翼前旗和右翼后旗。
秉着持续分化的目的，满清还在察哈尔各旗中间穿插一些由太仆寺和兵部等衙门管理的牧场，今属内蒙的太仆寺旗便是因此而来。此外，还有一些因外部情势所迫，被动申请加入八旗建制的部族，比如在雍正年间南下呼伦贝尔的新巴尔虎人。人家都送上门了，满清哪有不受之理？新巴尔虎遂也被编为正黄和镶黄等八旗（分属左右两翼，每翼设总管一人），后演变为今属内蒙的新巴尔虎左右两旗。
位于呼和浩特市一带的察哈尔右翼中旗和镶黄旗等
2、副都统旗
内属蒙古和外藩蒙古最大的区别就是没有自主权，由满清派员管理。旗长由正三品的总管充任，则为总管旗，旗长由正二品的副都统充任，则为副都统旗，二者的实质其实没有多大区别。就拿前文中提到的土默特万户来说，在满清眼中和察哈尔万户一样都是需要严管的对象。史载土默特万户在俺答汗壮大后分成了东西两部。
东土默特威胁没有留守归化城的西土默特那么大，故而东土默特被满清分成了2个札萨克旗，西土默特则被康熙皇帝改成了属性为内属蒙古的左右两翼旗（原本也是2个札萨克旗）。后来乾隆皇帝在西土默特两翼旗各设1名驻防副都统掌旗，遂为副都统旗。今属内蒙的土默特左右两旗之名便是因此而来。
