按照电影狄仁杰系列的故事时间顺序来推测，这部神都龙王应该是狄仁杰系列的第一部，此案之后，狄仁杰一案成名，才有了后来的一个个故事。
大唐高宗时期，朝廷大权全部掌握在皇后武则天手中，在一次攻打敌国的海战中，本来一切都很顺利，可惜中途却出现了神秘海怪把军队战舰损坏了，致使军队损失惨重。军队几乎全军覆灭的消息传回了京都洛阳，这些消息被天下百姓传成是龙王显灵了，是上天的旨意，因此迷信的百姓们把它当做龙王来祭拜，闹得朝廷对百姓也控制不住。
正当这时，年轻的狄仁杰被举荐前往大理寺任职，只是不巧的是撞上了京都王牌花魁银睿姬一案中，原来她被海怪袭击了，百姓们关系的龙王一案又浮出了水面，这件事对社会影响很大，为了调查此事，也为了弄清此事与军队出现的海怪是否有联系，武则天令大理寺卿尉迟真金十天内彻查此事，务必让真相水落石出，否则提头来见。
