原本，势力强大的波嫂垄断了市场，造成其他女囚苦不堪言。而顶姐作为曾经的商场女强人，她利用自己的商业头脑，率先发起了挑战，通过更为合理的分配制作，重新建立起女监内部的流通市场，由此打破了固有秩序。
波嫂不满顶姐抢占自己的势力与生意，因此与顶姐两帮人互相撕咬，三不五时在狱中开战，令监狱中不得安宁。但是双方不打不相识，顶姐对讲义气的波嫂最终化敌为友。
不料就在此时，曾经的“狱霸”劏猪环（李彩华 饰）再度归来，誓要重夺旧有势力。
她先是栽赃陷害顶姐与波嫂，继而为争夺地盘布置一连串恐吓与袭击，并控制了波嫂的女儿，借此威逼博骂吞象棋棋子自*，由此打破了狱中一切势力平衡。
博妈的惨死激怒了顶姐与波嫂，为了复仇，两人决定联手对付劏猪环，最终在监狱内上演了一场惨烈大混战。
以上就是《女囚风暴》的大致剧情，故事非常简单，基本遵循了周润发版电影《监狱风云》构建的“港产监狱片”故事模式，围绕一名刚刚入狱的新人菜鸟进入暴力犯罪横行的监狱世界，最终在遭遇一系列霸凌欺压后忍无可忍，联合其他狱友一起上演绝望反抗的主线展开。
只是电影的问题在于，制作较为廉价，缺乏对人物的深度刻画，通篇故事宛如流水账，演员的表演也很平庸，即使是监狱女子大乱斗的重头戏，也让人无法提起精神来。而过多的删减导致情节支离破碎，严重影响电影的观感。
根据从港版预告中透露的情节来看，内地网络版剪掉了很多暴力情节和剥削戏份，如顶姐刚刚入狱时遭遇的一系列欺凌折磨，监狱内混战时的暴力场面，以及一些涉及女性身体部分的香艳情节，都在内地版中被阉割。
