其实，宋仁宗的内心，也是想废皇后的，但北宋开国80多年来，还没有废后的先例，宋仁宗担心自己扛不住那些谏官。这时吕夷简看透了宋仁宗的心思，他又劝谏说：
“光武，汉之明主也，郭后止以怨怼坐废，况伤陛下颈乎？”（《宋史·吕夷简传》）
意思是：光武帝刘秀是一代明主，他还废了郭圣通呢，难道陛下就不能废了打伤你的皇后？
宋仁宗被吕夷简如此撺掇，立即同意废后。虽然范仲淹等谏官集体反对，但宋仁宗铁了心，终于把郭皇后废了。《宋史·郭皇后传》云：
后遂废，诏封为净妃、玉京冲妙仙师，赐名清悟，居长乐宫。
为了掩人耳目，宋仁宗对外宣称皇后想出家修道，所以封他为净妃，让她住在长乐宫。
宋仁宗的性格并不干脆，没多久，娶曹皇后入宫，宋仁宗又想起了郭皇后，毕竟是结发妻子，宋仁宗想郭皇后一个人在长乐宫不好过，便派人悄悄去接郭皇后。没想到，郭皇后非常硬气。
帝尝密令召入，后曰：“若再见召者，须百官立班受册方可。”（《宋史·郭皇后传》）
郭皇后的意思是说：你接我回去可以，但必须在百官面前重新立我为皇后！当时曹皇后已经被立为皇后，宋仁宗因为娶曹皇后的事情被百官弄得焦头烂额，郭皇后提这个要求，简直是要了宋仁宗的命。宋仁宗心想：朕的这位元配夫人不知悔改，已经无可救药了，你也别住在皇宫了，以免弄出什么乱子来。于是，宋仁宗派人把郭皇后送到宫外的瑶华别宫去了。
不久后，郭皇后生了一场小病，宦官阎文应曾带药去给她看病，不久，郭皇后病逝。《宋史》云：
属小疾，遣文应挟医诊视，数日，乃言后暴薨。中外疑阎文应进毒，而不得其实。
《宋史》直接怀疑是宦官阎文应下毒，但因为没有证据，最后加一句“不得其实”。
