1999年，发行了第二代，口袋妖怪金版和银版，简称：金、银。这个版本可以说是一个部真正的杰作。后来的许多作品都是基于这个系统进行优化延展的。除了挑战所有道观，你还可以挑战怪物联盟。都通关之后，剧情带你去到第一部的地图。两部的地图是可以互通的，继续走完第一部的所有剧情之后，就会遇到几十年都没长大的小智，挑战完小智之后才算是结局。
第二代的选择变成了小锯鳄（水系）、火球鼠（火系）、菊草叶（草系）
第二代，除了延续上一代火箭军团的剧情外，还有给两个版本定制了两只神兽。金是塔顶上的七彩凤凰，而银是在海边洞穴里的洛奇亚。
