前者依赖于水压，而后者则依赖于大气压。显而易见，后者的压力更大。冲水力度大，好处一方面是不容易堵塞。当年使用直冲式马桶，甚至卫生纸都可能把马桶堵住。另一方面是大便不会粘在马桶内壁上，强大的吸力可以将马桶内壁冲刷得很干净。
Ⅲ反味直冲式马桶的排水结构非常简单，马桶直接通向排水管。二者之间，只有一道薄薄的水封遮挡。水封可以防臭，但是不足以堵住这么粗的排水管中逆流上来的臭味。因此，使用直冲式马桶时，卫生间里常常会有较为难闻的气味，甚至可能引来蚊虫。相比之下，虹吸式马桶的结构更为复杂，除了水封外，马桶内部还设有一段较长的管道。
这一段管道同样能够起到防臭、防止蚊虫滋生的作用。那为什么有些虹吸式马桶并不好用呢？有人说：“我家就是用的虹吸式马桶，为什么没有你说的那么神奇呢？”这实际上与“虹吸”无关，而与马桶本身有关。
劣质的虹吸马桶总是会出现各种问题（劣质的直冲式马桶也是一样）。①管道细虹吸式马桶非常依赖马桶上的那一段管道，管道过于粗大，对水量的要求就很高，不容易产生虹吸效果。而如果管道太细，则容易出现堵塞等问题。特别是目前很多马桶都倾向于制作“环保”和“节水”的设计。
