东林书院在顾宪成时达到前所未有的搞得，不仅“君子”辈出，而且东林八君子还制定了一些列的东林守则，这时的东林书院，之所以强大，是因为它是纯学界的集会，这里每年一次大集会，每月一次小集会，每次集会至少三天集中讲学，颇有现在的文学沙龙的味道。然而，随着明朝末年弊政凸显，东林学子们开始转移了自己的方向，分成两派，其中主流一派开始批评时政，成为那个时代最强大的评论家集群。
东林学子遍布天下，自成一党，在朝的官员，如果同是出自“东林”，则相互照应，如果不是出自“东林”的，则遭到集中排挤，因此有了东林党一说。但东林党虽然饱受批评，也有很多优秀的人才，不能一概而否定之。
到了明熹宗继位，宦官魏忠贤和奶娘客氏勾结，权倾朝野，加上明熹宗喜欢木匠，不问朝政，东林党开始抨击魏忠贤宦官干政，由此，阉党和东林党仇怨很深，随着东林人士杨涟被阉党处理，接下来东林党在强大的阉党面前，彻底被击碎，受迫害之人何止上万，全国官场谈东林而色变。直到崇祯帝继位，*掉魏忠贤，东林党才得以翻身，但此时明朝已经病入膏肓，而东林认识遍布朝野，所以有明朝毁于东林党之说，但小编一直认为这种说法太过片面。
明朝灭亡之后，东林书院得到了清朝的顺治、康熙、雍正等几代帝王的重视，因为这里是文人们比较向往的地方，所以清朝每年都会出资修缮东林书院。直到光绪年间，东林书院被朝廷“征用”，变成了朝廷的地方学政，从此，这个民间组织变了性质。从“光棍年”到光绪年间，东林书院几度兴衰，人才济济，从杨时开院讲了那一堂课以来，中国后来的800多年，都受此影响，意义重大。
