此时的成都武侯祠与刘备的汉昭烈庙距离不远，杜甫称为“武侯祠堂常邻近，一体君臣祭祀同”。虽然两座祠庙相距不远，但由于百姓对诸葛亮的怀念尊崇要超过刘备，因此武侯祠的人流明显超过汉昭烈庙。
明朝建立后，明太祖封第十一子朱椿为蜀王。洪武二十三年（1390年），朱椿就藩成都。朱椿到成都后就发现当地百姓祭拜大臣诸葛亮的人数明显超过了皇帝刘备，这让重视君臣等级关系的朱椿很不爽。
于是在洪武二十四年（1391年），朱椿下令拆掉了成都武侯祠，将诸葛亮的神像牌位移入刘备的汉昭烈庙。朱椿认为这样可以纠正四川百姓重大臣而轻皇帝的“不正之风”，让祭拜刘备的人数多于诸葛亮。
然而百姓根本不在乎朱椿的“君尊臣卑”，祭拜诸葛亮的人数依然远多于击败刘备的，而且百姓们还按照习惯将供有诸葛亮神像牌位的祠庙称为“武侯祠”。久而久之，“汉昭烈庙”这个名字倒没几个人知道了。
