《发现女巫》的故事开始于1692年，美国马萨诸塞州塞勒姆镇发生了中世纪最恐怖的女巫屠*，即塞勒姆女巫审判案。（因为一群小孩感染了怪病，镇民归咎于女巫，对她们进行严刑逼供，导致大量女巫在这场风波中无辜被害。）在这个冤案中第一个被处决的女巫就是女主角戴安娜的先祖布丽奇特。
作为历史博士的戴安娜为完成一篇古代炼金术的论文，在牛津大学图书馆借阅了一本名叫《阿什莫尔782》的手稿。当她拿到手稿时，原本空缺的782卷，悄然出现。
戴安娜翻开书后，就被一种奇怪的力量感召，书上的文字围绕着她跳动，奇怪的画幅竟然在凭空消失后在她掌心灼出一个类似画中容器符号的伤口。
感受到这次异动的不止戴安娜一人，很多不同的生物也被吸引而来。这其中就包括男主角马修。作为一名生物学化学教授的他，同时也是一个高龄、高阶吸血鬼。
