有区别。应用型本科侧重于技术技能教育，更注重学生就业，与社会需求和经济发展更贴近。普通本科以理论教学教育为主，更多的是一种学历教育。
区别如下：
1、定义不同
本科教育，高等教育的中级层次。
应用型本科指以应用型为办学定位，而不是以科研为办学定位的本科院校。
2、包含的范围不同
本科：在我国普通高考当中，本科录取分为本科一批（一本）、本科二批（二本）和本科三批（三本）（2017年部分地区取消本科三批）。
应用型本科：现阶段一般包括所有的本科第一批、本科第二批录取院校
3、招收对象不同
本科教育主要招收高中毕业生，学制依据不同专业，一般为4～5年；少量招收专科毕业生，一般要通过专升本考试，学制2年。
“应用型本科”是对新型的本科教育和新层次的高职教育相结合的教育模式的探索，由部分省属本科院校与国家级示范性高等职业院校、国家大型骨干企业联合试点培养适应社会经济发展需求的应用型本科专业人才。
4、培养侧重点不同
普通本科：以科研教学为重，实际操作为辅，多以综合类大学为主，注重学生在学术上的能力，知识更多的是限于书本上的理论。
应用型本科：结合中国现在的经济社会发展，以实际操作为重，理论知识为辅，多以工科类大学为主，注重学生在单一技术上的能力，知识更多的是限于实际操作上的技术。
5、各领域不同
普通本科：相对发展领域较宽，拓展范围广，但学校专注的学科并不多，对单一学科进行学术研究，并进行报告论文书写，以提升学校在全国乃至世界的影响力。
应用型本科：开设的专业并不多，对单一工科类专业的研究和探讨，对专业进行技术上的学习，并进行设计方案书写，以提升学校专业技术能力上的水准。
