“无论是985还是211，都是国家教育部门或直属、或直管的高等教育机构，在培养人才上尤其是培养高层次人才上，都更加突出的是学科本位。”
即便是高校的科学研究，仍然是比较遵循相对严谨的学科架构原则，沿着相对规范的专业领域与学科边界，即便是交叉学科和综合学科，也有相对确定的学科基础作为支撑，在创新上也高度强调育人功能导向与知识传承的意义。
而相比于高校的学科本位，科研院所突出的则是问题本位，或者说是项目本位，相比于高校，科研院所更多的是立足国家层面，从科研的角度则往往是站在学术前沿，因而探索新领域、创造新知识并应用于国家建设、行业革新、市场经济运行的意向性更明显。当然在这个过程中，也有育人的功能，但培养目标明显是更倾向于、擅长于拓新型人才。比如最负盛名的科研院所，中国科学院，从自然科学的研究水准来讲，处于全国最高梯队。
但相比于清华大学、浙江大学，显然中国科学院在国家优惠政策、经费匹配和资源集中调拨上要更胜一筹，而且同类型的科研院所相较高校是少之又少，而且科研院所在人才培养方面国家级与省级的差距也远远大于高校序列。
因此，从专业的角度建议，一般理工科的生源，在国家前沿科技领域，如果能够有机会入选中国科学院，那么获得的培养、资源的匹配与未来职业规划，相比于高校，都是更加稀缺的，更具有不可复制和不可替代性的。
而另一方面，国家级科研院所的考取难度也是高于同级别高校的，这就要求生源在研究生期间就有更卓越的表现，更扎实的基本功、更强烈的创新意识和更前沿的学术视野。当然，如果想从事高校教学工作，或只是想获得博士学位从而提升就业的“身份竞争力”，那么选择985、211高校的博士学位也是不错的选择。
立足高校规范、严谨的专业建设与学科体系，提升系统的教学、教研、教改能力，从而起到传承文明、培养人才的基础作用。
选高校还是科研院所？
1、一般高校的课余生活比科研院所更丰富。科研院所的更像一个企业，相当于一边学习一边工作，跟着自己的导师参与前沿项目，获得更多的实践机会。所以，在科研院所读研和在高校真的是两种生活方式的选择。
2、 科研院所在科研院所在招生时，录取程序更为公正，不会出现一般高校招生中偏爱招收本校学生的情况。
3、与一般高校相比，科研院所的录取率高。学校越好当然竞争越激烈，研究所其实也同样，只是如果是对比同等层次的高校和研究所的话，还是研究所的竞争相对不那么激烈。
4、一般情况下，科研院所比高校的补助高。研究所的生活补助，普遍比高校要高一些。一般在高校的话，每月能拿到补助。研究所则不然，由于科研院所培养学生的经费大多是来自于所承接的项目，除了获得一些生活补贴之外，导师额外还会有许多补贴。给学生发的补助通常是高校的两倍乃至更高。选择研究所的话，可以极大地减轻家庭负担。
5、研究所每年会提供一定数量的留所名额，对于成绩优异的同学，可以直接留所工作，并享受所内福利待遇。科研院所的学生毕业后留在自己单位的可能性要大于高校。
6、高校就是拿的高校的毕业证，而研究所则大部分拿的是中国科学院大学的毕业证，少数研究所拿的是中国科学技术大学的毕业证(比如金属所)，也因此，相对而言拿中科大毕业证的研究所会更抢手一些、竞争也更激烈一点，毕竟拿的还是985的硕/博士毕业证。
7、如果有就业目的的话，对于一些企业设定的双211和双985的入职门槛，科研院所的学生是吃亏的。专业对口的企业非常喜欢招收科研院所的。
8、科研院所毕业后进入工作快，而且在学习期间已经和要工作的单位有联系，日后从人际关系，还是研究工作都是很好的铺垫。
最后，个人觉得导师才是关键，不管在科研院所还是高校，找到一个有水平又比较有责任心的导师，你会更快地找到科研的方向，在自己努力的同时还能得到必要的指导和支持，会进步得更快。至于哪个更好，还是因人而异，不存在绝对的好坏。更有侧重，需要看什么样的生源，以及什么样的考博目的预期。
