有着本质上的区别，概念是不同的。自然村是指村民根据居住的环境自然形成的片域性居住点，一般一个行政村可以是一个自然村，也可以由几个自然村组成。传统村落，是指民国以前建村，保留了较大的历史沿革，即建筑环境、建筑风貌、村落选址未有大的变动，具有独特民俗民风，虽经历久远年代，但至今仍为人们服务的村落。以突出其文明价值及传承的意义。传统村落中蕴藏着丰富的历史信息和文化景观，是中国农耕文明留下的最大遗产。
传统村落中蕴含着丰富的历史信息和文化景观，是中国农耕文明留下的最大遗产。
1、它兼有物质与非物质文化遗产特性，而且在村落里这两类遗产互相融合，互相依存，同属一个文化与审美的基因，是一个独特的整体。
人们曾经片面地把一些传统村落归入物质文化遗产范畴，这样造成的后果是只注重保护乡土建筑和历史景观，忽略了村落灵魂性的精神文化内涵，徒具躯壳，形存实亡。传统村落的遗产保护必须是整体保护。
2、传统村落的建筑无论历史多久，都不同于古建；古建属于过去时，乡土建筑是现在时的。
所有建筑内全都有人居住和生活，必须不断地修缮乃至更新。所以村落不会是某个时代风格一致的古建筑群，而是斑驳而丰富地呈现着它动态的嬗变的历史进程。它的历史不是滞固和平面的，而是活态和立体的。
3、传统村落不是“文保单位”，而是生产和生活的基地，是社会构成最基层的单位，是农村社区。
它面临着改善与发展，直接关系着村落居民生活质量的提高。保护必须与发展相结合。在物质和非物质文化遗产中，都没有这样的问题。
4、传统村落的精神遗产中，不仅包括各类“非遗”，还有大量独特的历史记忆、宗族传衍、俚语方言、乡约乡规、生产方式等，它们作为一种独特的精神文化内涵，因村落的存在而存在，并使村落传统厚重鲜活，还是村落中各种“非遗”不能脱离的“生命土壤”。
