古代中国非常重视一个政权的“正统性”，只有正统王朝才有资格名正言顺地统治子民以及征伐异己，所以，几乎每个朝代的统治者都信奉“汉贼不两立，王业不偏安”，以实现天下一统为己任。但是，在历史上的几个分裂时期，偏安一隅的王朝是在不在少数，而其中有些政权被后世认定为正统，比如东晋和南宋；有些就不被历史所承认，比如南明。国史君（国史通论）认为，之所以出现这种区别对待的情况，其原因可能有以下五点：
第一、政治合法性上的区别
明朝末年的著名学者王夫之曾经表示， 中国的朝代更迭“可禅，可继，可革，而不可使夷类间之”，即改朝换代一般都是通过禅让、继承、暴力革命三种方式完成，禅让可以说是所有的开国之君最喜欢的一种方式，因为它最体面。前朝亡国之君禅让给后朝的新君，就意味着后朝新君可以名正言顺地全盘接受前朝的皇位、百官、土地、子民等等所有政治、军事、文化财产。禅让是后朝新君的“遮羞布”，所以，曹丕在篡汉之时表示：“尧舜之事，吾知之矣”。通过暴力革命改朝换代的典型就是刘邦在推翻秦朝之后建立了汉朝、朱元璋在推翻元朝之后建立了明朝。通过继承的方式改朝换代的典型就是南宋了——北宋在“靖康之变”中亡国之后，赵构便以康王的身份称帝，并声称继承了大宋的江山。历史上还有东汉光武帝刘秀，蜀汉昭烈帝刘备也都声称是继承了前朝。
而南明虽然在名义上也声称是继承了明朝的统治，但是其合法性上与南宋有很大的区别。南宋的开国之君赵构是北宋亡国之君宋徽宗赵佶的第九子，而在北宋宗室几乎全部被俘的情况下，赵构就是最有资格继承皇位的人。而南明的“四帝一监国”中只有弘光帝与明朝大宗有着稍近一些的血缘关系。所以，在政治合法性上，南宋要高于南明，赵构的号召力和向心力自然也要强于南明的“四帝一监国”。
第二、国祚与疆域上的区别
后世不把南明认定为正统王朝还有一个重要原因，就是南明的整体国祚实在是太短了。弘光政权仅存在八个月，绍武政权存在仅四十一天，这么短的国祚，是在无法被称为是一个朝代。而东晋国祚一百零四年（317年－420年），南宋国祚更是长达一百五十二年之久（1127年－1279年）且中间没有断绝。如此大的时间跨度，我们必须认定一个朝代才便于纪年。另外，在统治疆域上，南宋虽然在立国初期依然受到金国的入侵，但整体版图比较稳定地维护在淮河一线，但南明所有政权的版图都在急剧缩小，甚至逃亡到了缅甸。只有明郑时期的统治疆域相对稳定，但也局限于台湾地区。
第三、敌国的汉化程度上的区别
