唐书中还有一段记载，可以显示秦琼的勇武，说李世民每次阵前打仗，如果对方阵中有耀武耀威的，自以为是的。只要李世民看着不顺眼，秦琼单人独骑，于千军万马之中取敌人首级，如入无人之境，可见秦琼绝不是一般人可以比拟。
晚年平淡，书名凌烟阁在大唐初年，李渊还在位的时候，秦琼无疑是李渊最宠爱的战将之一，荣华富贵是一点没有少秦琼的，该有的封赏也一点也不说。
但在李世民登基之后，秦琼的地位却大不如前，史书中对他的记载也是少之又少，几乎没有什么存在感。
玄武门之变之后，秦琼虽然也有加官进爵，但比起*了李建成和李元吉的尉迟恭来说，可要少的可怜。就连李世民命人绘制凌烟阁的时候，秦琼也是排在了二十四名臣的最后一位，与李渊当家的时候相比，秦琼就像是一颗失去了光芒的星，黯然了许多。
后人们猜测，这其中的原因自然是与玄武门之变有关。在史料中，虽然也说秦琼参加了玄武门事变，但只是一笔带过。
结语不少史学家分析，其实秦琼没有参加这场宫斗，即便是参加了也没有什么表现，至于理由更简单，因为在之前的文字中，并没有显示秦琼曾支持过李世民政变的记载。
也许正是这个原因，秦琼的地位也就一落千丈，在而后的十二年中，秦琼自然也就没什么存在感。
传说李世民登基之后，听说秦琼病了，派御医去给秦琼看病。秦琼对御医说，我这一辈子大小之战打了二百多长，流过的血都不知道有多少，老了哪有不生病的理由。
从此，便以身体不好为由在家养老。直到贞观十二年，公元638年，秦琼在家病逝。
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