第六天半夜，他紧急命令内侍传谕学士王熙和麻勒吉，速到养心殿安排自己的后事和记载自己的遗嘱。三更时分，王熙和麻勒吉二人没有耽搁，立马跟随内侍赶到宫中，顺治皇帝向他们透了自己病情的真实情况，说自己“已患痘症，势将不起”，自己身体完全不行了，必须让你们过来速度撰写遗诏。
学士王熙从命，在顺治皇帝床前匆匆写下遗诏的第一段。
此时顺治帝已疲惫不堪。王熙担心这样下去皇帝可能支持不住，便赶紧说，为了不使圣体过于劳累，待他们将诏书全部拟就再行进呈。
已经进入濒危状态的顺治皇帝微微点头同意。这样，王熙和麻勒吉二人到乾清门西朝房内起草了顺治皇帝的遗诏，然后前前后后又进行了三次改动，直到第二天日出才算真正的定稿。
经过这样一天的折磨，第七日半夜，顺治皇帝病逝于养心殿，年仅二十四岁。
第八天，清王朝正式为顺治皇帝办丧。
第九天清晨，宣诏官到紫禁城金水桥下，向守候了一昼夜的王公勋贵、文武群臣宣读哀诏，要求百官各退回自己的衙门守制。
由于这是清王朝入关后举行的第一个皇帝大丧礼，因此清王朝极其重视也格外隆重。
头九日每天早晚，所有王公勋贵、文武官员都要到乾清门外哭丧；在治丧期的二十七天内，俱不准私自回家。
顺治皇帝的灵堂就设在乾清宫。乾清宫及东西两庑，挂上了清一色的白幔帐，乾清门两边，旌旗幡幢林立，建起释家、道家两个道场，众多的僧人和道士日夜诵经烧香。玉林琇奉孝庄皇太后之命，也到乾清宫为皇帝诵经。
正月十四日，宫中举行“小丢纸”仪式，即在乾清宫外焚烧顺治皇帝贴身或者喜爱或日常使用的冠袍带履、珍玩器皿。
这一幕的目睹者内阁中书舍人张宸在《平圃杂记》记载的大致意思是：“十四日在宫门外焚烧大行皇帝所用的御冠袍器用珍玩。当时的百官哭声还没有散去，突然听到宫中哭声大作。仰头看见皇太后黑素袍，御乾清门台基上，扶石栏南面立，哭的极其哀伤。宫中数百个宫娥，都戴着白帕首、白衣大哭。百官也跪在宫殿外哭。所焚烧的各种宝器的火焰颜色都有五色，焚烧的声音像爆豆一样。有宫娥说每焚烧一颗宝珠就有一声，盖有数万声矣。”
二月初二日，顺治皇帝的梓宫移到景山寿皇殿。然后举行“大丢纸”仪式，这次是把所有顺治皇帝使用过的所有器物宝物全部焚烧。
顺治皇帝生前也喜欢挥霍浪费，所用的各种器物宝物数不胜数，无法在大、小丢纸仪式中全部焚毁，孝庄皇太后便下令将顺治皇帝收入宫中的大批佛像，分赠京城各个寺院，又将无法焚烧的珍玩宝物拿到民间拍卖（因为宫中不能用死人的东西，只能拿到民间卖）。
二月初五日，是顺治皇帝大丧礼的最后一天，王公勋贵、文武百官到景山焚烧国葬期间佩戴的素带，以示“圆孝”。
大规模的治丧活动到这时才算结束。
