司马氏在建立起短暂的西晋朝廷后，因为血亲争权导致无力抵抗外敌，以司马睿为首的司马王室以及北方门阀士族、平民纷纷南渡。为了保证自己的统治，司马睿以王导居机要中枢，王敦掌控重兵，王氏子弟皆位居要职，构成“王与马，共天下”的政治格局。也是从司马睿开始，东晋权势掌握在门阀大族手上，直到东晋第九位皇帝司马曜才打破了这个格局。
一、皇位将失，门阀互争
连司马睿想要抵抗门阀都失败了，更别说他的继承人了，东晋政权相继落在了琅琊王氏、颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏的手上，这其中要属桓温的权力最大了。桓温一度想要取晋室而代之，司马曜的父亲司马昱一度是司马王族对抗桓温的不二人选，却也在登基为帝后战战兢兢，甚至愿意“禅位于温”。
若非名臣王坦之当着司马昱的面手撕遗诏，司马氏的帝位很有可能就此被桓温夺去。桓温为了取代晋室得罪了许多门阀士族，因此这些世家们宁愿扶持年仅十岁的司马曜为帝，也不愿拥立桓温。在士族门阀的联手下，桓温最终未能篡晋就病逝了，东晋王朝得以延续。
桓温一死，出力最多的王坦之和谢安就请出崇德太后褚蒜子临朝听政，但实际上东晋实权仍然不在皇帝手上，而是转移到太原王氏和陈郡谢氏手中，王坦之一死，朝中最大的话事人就是谢安了。为了维持局面，司马曜与弟弟司马道子都迎娶了太原王氏的女子，而在地方上，桓温之弟桓冲依然手握重兵。
二、前秦外患，通力合作
就在东晋一直忙着窝里斗的时候，前秦天王苻坚完成了北方统一，立志“黎元应抚，夷狄应和”的他眼下只有一个敌人——晋。前秦的兵卒胜多败少，兵峰一度逼近到了长江边，苻坚被胜利冲昏了头脑，认为东晋天命已定，“投鞭于江，足断其流”，自己终于能够夺取帝位。
东晋诸臣当然没有坐以待毙，谢安的侄儿谢玄所创的“北府军”成为日后稳定华夏政权的重要基石。与哥哥桓温不同，桓冲不仅尽忠于晋室，还多次放弃自己与桓氏的利益表达对谢安执政的认同，更是放下血海深仇，转而在抗击前秦的一线奋斗。
三、内斗再起，威权己出
面对来势汹汹的前秦，司马曜清楚自己带兵打仗不是好手，没有乱做动作，东晋上下勠力同心，通过淝水之战的大捷消除北方的隐患，甚至还收复了不少失地。然而外患解除后，内斗的悲剧又再次上演。
