而且康熙还推行了一大批雅政，先是尊孔崇儒，借儒家的权威来巩固清廷的权威，又恢复科举以助选拔人才，更关键的是他改善了赋税制度，减轻了不少人民负担，大家自然对新皇帝喜闻乐见。
同时，康熙还着力解决国内的天花瘟疫问题，他广召医学人才，设立了专门的“痘疹科”来治疗天花患者，并且积极寻找预防天花问题的方法。
当时的人们已经知道，得过天花而存活的人不会再得天花，据此他们试图人为地给健康人传播弱性天花病毒，以使健康人得到免疫天花的能力。
用现在的眼光来看，这种手段太过于原始，有时反而会造成健康人的伤亡，但在当时这种做法确实减少了天花的威胁。
总算是暂时把百姓安顿好了，康熙刚松了一口气，结果转头国内就爆发了内乱，康熙十二年，吴三桂假意撤藩，实际退居云南，举起了“反清复明”的大旗，史称“三藩之乱”。
面对前朝势力的残党，康熙深知不能有半分容忍，否则无法斩草除根，他昭告天下，宣称清廷必取吴三桂项上人头，但是，与吴三桂同谋者若此时退出，则还有和谈余地。
消息传开，叛军的规模顿时缩水，吴三桂一时之间陷入孤立，康熙则趁机命大军夹击叛军主力，不断削弱敌人规模。
康熙十七年，吴三桂郁愤之下，在衡州病死，康熙二十年，清军大破昆明，三藩之乱就此平定。
