阿拉贡王朝也受到了这股趋势的影响，开始逐渐收紧对异端信仰的容忍。教会和王室之间的合作加强，共同推动统一基督教的进程。这导致了后来对异端的打压和宗教裁判所的设立。
为了应对统一基督教的努力，阿拉贡王朝成立了宗教裁判所（Tribunal del Santo Oficio），即圣官法庭，也称为宗教审判法庭。这个法庭的主要职责是审判异端，并打击可能对教会和王室权威构成威胁的人物。
宗教裁判所采取了严厉的手段，通过审判、定罪和执行刑罚来打击异端信仰，其中最严重的刑罚是火刑。这导致了在阿拉贡王朝领土内的宗教氛围变得更加紧张和恐惧，也对宗教多样性和宽容产生了压力。
犹太人和穆斯林的处境也发生了重要变化。先前享有一定自由和权利的犹太人和穆斯林群体，开始面临更严格的限制和歧视。
在阿拉贡王朝的统治下，犹太人被要求佩戴特定的服饰或标志，以显示他们的宗教身份。他们在经济和社会生活中的活动受到限制，逐渐变得边缘化。
穆斯林群体也受到了类似的限制。他们被迫放弃自己的宗教习俗和行为，并面临着更多的社会歧视和排斥。
这些变化表明，阿拉贡王朝的宗教政策逐渐转向更加强硬和排斥的方向。统一基督教的努力导致对异端的严厉打压，而犹太人和穆斯林群体的处境也逐渐恶化。这一时期的宗教政策变化对阿拉贡王朝和整个地区的宗教景观产生了深远的影响，也为后续宗教冲突和社会动荡埋下了种子。
阿拉贡宗教宽容的顶峰阿拉贡王朝达到了宗教宽容的顶峰。其中一个关键事件是特拉华塞尔会议（Tortosa Council），它是在特拉华塞尔（Tortosa，今西班牙东北部）召开的宗教会议。该会议的目标是解决基督教内部的异端问题和拉丁教会与东方教会的分裂。
在特拉华塞尔会议上，阿拉贡王朝的代表与来自不同宗教信仰的代表进行了对话和辩论。尽管会议的主要目标是统一基督教，但阿拉贡王朝的统治者表现出了宽容和开明的态度，保护了犹太人和穆斯林等宗教少数派的权益。特拉华塞尔会议最终颁布了一系列宗教宽容法令，保障了宗教少数派的宗教自由和权益。
虽然特拉华塞尔会议为宗教宽容奠定了基础，但宗教共存并不意味着没有挑战。不同宗教信仰之间的差异和竞争仍然存在，导致时而出现紧张和冲突。尽管王室和教会对宗教少数派采取了宽容政策，但这种宗教共存的现实并不总是得到基层社会的充分认可。
一些地方政府和民众对特拉华塞尔会议的法令持怀疑态度，甚至拒绝执行。特别是当地基督教势力中的极端派别，对宗教少数派仍然抱有敌意和偏见，导致宗教纷争时有发生。这对阿拉贡王朝的宗教政策形成了一定的挑战。
阿拉贡王朝的宗教宽容顶峰在一定程度上与该地区的特殊性有关。阿拉贡王朝领土上不同宗教群体的相对平衡和相互依存形成了独特的社会结构，这也促成了宽容的态度。同时，阿拉贡王朝是一个重要的贸易中心，商业和经济的繁荣使得宽容政策成为可能，因为不同宗教群体之间的合作对经济利益是有利的。
