至于马皇后为什么要哭呢？
“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独”，意思就是说：马皇后一个人守着一座空坟，她的丈夫葬在别处，所以，因为悲伤才夜夜泣哭。
那么，洪武帝究竟葬在朝天宫还是孝陵？
朝天宫位于南京市秦淮区朝天宫街道水西门内冶山，是江南地区现存建筑等级最高、面积最大、保存最完整的古建筑群。朝天宫历史悠久，宋朝时为“天庆观”，元朝时叫“永寿宫”，明朝才改作“朝天宫”，是明太祖朱元璋下诏御赐，取“朝拜上天”、“朝见天子”之意。
朝天宫的作用是什么呢？
文武大臣入职前，在此处学习礼法。为什么朱元璋会将朝天宫作为自己的安息之所呢？因为，朝天宫就在南京城中，从皇宫到朝天宫的距离很短，便于发丧。如果，朱元璋真的想被葬进朝天宫，那么，朱允炆大搞“迷魂阵”的举动便有了合理解释。
不过，也不是每个人都能接受这一说法的，清朝文人甘熙在自己的作品中提出非议：朱元璋为了修建孝陵，从国库拨出几百万两银子，从民间征调几万民夫，用了十几年的时间，总该不是为了马皇后一个人造的吧？
况且，葬在朝天宫与礼制不符，朱允炆又是个孝顺的皇孙，就算朱元璋有遗嘱在先，朱允炆也不忍心将祖父葬在陵外。也许，朱元璋葬在孝陵和朝天宫这两种说法均不能自圆其说，后来，又有人提出：朱元璋被葬在燕京万岁山。
且看清朝诗人留下的《万岁殿》：“明祖手持一杯酒，布衣刘季真吾友。煤山万寿耸峥嵘，犹是因依万岁名。”后经查证，这种说法纯属子虚乌有，没有任何证据表明朱元璋葬在燕京，可信度不高。况且，燕京就在朱棣的地盘之内，那么，朱棣的靖难理由根本站不住脚。
我国中山陵园管理局曾聘请了一批考古学家，用了数年时间证明孝陵地宫的确存在，且未被盗掘。不过，谁都无法保证孝陵是不是朱元璋的衣冠冢。1998年，又有考古学家在勘测孝陵的过程中使用了先进的“GPM”技术，发现地宫宝顶之下的建筑空间足有数千平方米。
借助这种技术，考古学家发现地宫中有一条长达百米的墓道，由地宫处延伸至明楼东侧，距地面十米。这些重大的发现至少向我们证实了孝陵地宫的确存在，不过若想解开朱元璋葬身之地的疑团，恐怕还要等孝陵考古工作展开的那天。
