顺治帝时期清朝从地方割据政权成为全国性政权，所以他称之为世祖是很正常的。
再来看看世祖的意思：断代史开创者或者是该王朝承上启下君主的特定庙号。
顺治帝就符合后者条件，起了一个很重要的承上启下作用，他虽然不是清朝的建立者，但是在位期间却实现了满清入关，完成了清朝太祖太宗两代人的夙愿，使清王朝成为全国性政权，开辟了一个全新的历史时期。
像历史上有名的汉光武帝刘秀庙号也是世祖，刘秀在西汉灭亡王莽的新朝建立后，经过十多年打拼再兴汉家，是为断代史开创者，庙号称之为世祖。
像元世祖忽必烈与清世祖顺治帝福临就都是一样，将地方割据政权成为真正的全国性政权，使王朝进入一个全新的历史时期。
当然顺治帝的庙号世祖没问题，问题在于顺治帝时期的满清入关、灭李自成之大顺、张献忠之大西、还有打的南明政权一蹶不起这些功业都是实际掌权者摄政王多尔衮所为，所以在很多人眼里感觉顺治帝只是个幸运的不得了的皇帝。
皇太极也可以称之为清朝开国皇帝，因为努尔哈赤只是草创了后金，并没有完善制度，也并没有年号，只是自称为天命皇帝，后世相沿才称为年号。努尔哈赤时代都不知谥号为何，他的谥号还是儿子皇太极在位的天聪九年明叛将上奏建议后加的。并且将官方称呼先汗改为先皇。
1636年，皇太极改金国号为清，起先也只是自称为天聪皇帝，后世相沿才称为年号的。皇太极的崇德年号应该算是清朝第一个正式年号。
清朝在皇太极时期才算是彻底成立，所以皇太极也可以称之为开国皇帝，但是毕竟父亲努尔哈赤也是有着草创之功的，所以努尔哈赤把太祖庙号用了，皇太极只能用宗里面最好的庙号太宗了，儿子顺治帝福临在位期间使清朝成为全国性政权，就拥有了世祖庙号。皇太极的庙号只能在父亲与儿子之间有些尴尬的存在着…
清朝有三祖：太祖努尔哈赤、世祖顺治帝、圣祖康熙帝。真正有争议的是康熙帝的圣祖庙号，而不是顺治帝的世祖庙号，按照庙号规则来说，康熙帝根本不可能拥有带祖的庙号的，只能说清朝身为君权高度集中的朝代，一朝三祖泛滥的有些过分却也合理吧。
参考资料：清史稿、清史讲义。
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